随着供销社的综合改革的深化,对标中发[2015]11号《中共中央国务院关于深化供销社综合改革的决定》的文件精神,文件强调要加强合作社组织架构完善,强化民主监督和民主管理,切实提高农民在合作社中的参与度和话语权,农民专业合作社的发展的也变得多样化,一些农民专业合作社由虚变实,由小变大,由弱变强,单一传统的组织架构已经不能适应现在的经济发展以及农民专业合作社的为农服务功能,所以农民专业合作社的组织架构也需要不断的调整,管理模式也需要不断地创新。本文通过对GX农民专业合作社基本情况进行分析,并对现有的组织架构存在的财务管理漏洞、内部控制漏洞、社有资产管理漏洞、业务与职能不匹配问题和信息化不畅通等管理漏洞进行了剖析,并对比日本及台湾的农民专业合作社的典型案例,简单分析可借鉴之处,从而对GX农民专业合作社的组织架构进行设计,使其能够更好的适应经济发展,起到服务“三农”的作用。