论文部分内容阅读
本文以中国地方猪深县猪和国外猪种杜洛克为试验对象,对比2个品种猪背最长肌之间的肉质、氨基酸含量、脂肪酸含量和微量元素之间的差别。以深县猪和长白猪为试验对象,利用转录组测序,分析影响深县猪肌内脂肪沉积的相关候选基因及相关信号通路及SNP。以候选基因ACOX3为研究对象,利用PCR扩增和直接测序,分析ACOX3基因的第2和第12外显子上SNPs位点。肉品质分析结果表明:深县猪的肌内水分、肉色、大理石纹、滴水损失、粗蛋白和脂肪含量显著高于杜洛克(P<0.01);深县猪背最长肌中天冬氨酸Asp、谷氨酸Glu、组氨酸His、丝氨酸Ser、精氨酸Arg、甘氨酸Gly、苏氨酸Thr、脯氨酸Pro、丙氨酸Ala、缬氨酸Val、半胱氨酸Cys、异亮氨酸Lle、亮氨酸Leu、苯丙氨酸Phe、酪氨酸Tyr、呈味氨基酸总量(FAA)、必需氨基酸(EAA)和总氨基酸含量显著高于杜洛克(P<0.01);深县猪背最长肌的饱和脂肪酸含量豆蔻酸、棕榈酸、硬脂酸和花生四烯酸多不饱和脂肪酸亚油酸和亚麻酸极显著高于杜洛克猪(P<0.01);单不饱和脂肪酸棕榈油酸含量显著高于杜洛克猪(P<0.01)而油酸的差异没有显著性;深县猪背最长肌中微量元素钾、铜、锌、锶、硅和铬含量均显著高于杜洛克猪(P<0.01),镍含量差异显著(p<0.05)。说明,中国地方脂肪型猪深县猪在肉质及营养价值方面总体优于瘦肉型的杜洛克猪,为深县猪的品种资源保护和肉质产品的开发利用提供依据。转录组测序分析结果表明:转录组测序获得30091840对高质量的干净reads,Q20和Q30分别达到95%以上。比对上参考基因组的reads达89.50%以上,比对上参考基因的reads达78.06%以上。测序获得差异表达基因282个,上调差异表达基因170个,下调差异表达基因112个。GO功能富集分析,上调差异表达基因显著富集在代谢途径,免疫应答,酶活性,下调差异表达基因显著富集在蛋白质结合,酶活性。KEGG富集分析,深县猪差异表达基因主要富集的信号通路为PPAR、过氧化物酶、雌激素、FOXO、脂质代谢等信号通路。在差异表达量上调的前20位基因主要发挥蛋白质结合、细胞色素酶活性、氧气运输、受体结合、酶活性等功能,下调前20位基因主要发挥ATP结合、蛋白质结合、转录调控、酶结合、酶活性等功能。上调的差异表达基因显著富集到通路的主要有:ACOX3、ACAA1、CPT1A、FABP4、PPARG、PLIN1等,下调的差异表达基因显著富集到通路的主要有:IGF1、IGF2、TGFB3、PRKAG3、LDLR等。SNP分析发现在深县猪上,突变主要的类型为同义突变的有20119个,非同义突变为8094个,SNP主要分布在外显子区域和3’UTR区域分别为30684和46335;在外显子区域纯和突变和杂合突变基本一致分别为14663和16021;具有功能注释的突变为29339个,通过功能分析与脂肪酸代谢和脂质合成相关的基因有:FASN、ELOVL1、ELOVL5、FAAH、FADS1、FADS2、FADS3、ALDH3A2、ACSL4、ACSL3、SLC27A4、SLC27A6、UXS1、ASAH1、LIPA、SLC38A3、SLC7A8、DBT、RERE、SLC38A2等。ACOX3基因SNP分析结果表明:深县猪上ACOX3基因的第2外显子和第12外显子上分别存在8处突变位点,2处同义突变和6处非同一突变,2个同义突变分别为第2外显子132bp处C-A突变(g.2719862)、171bp处G-A突变(g.2719901),6个非同义突变分别为第2外显子142bp处C-A突变(g.2719872)、166bp处T-A突变(g.2719896)、221bp处T-C突变(g.2719951),第12外显子26bp处T-C突变(rs329250903,g.2739122)、第48bp处G-A突变(rs323967874,g.2739144)、第72bp处G-A突变(rs701432900,g.2739168)其中第2外显子上5处SNPs为新发现的SNP位点。通过测序峰,8处SNPs中有5处杂合基因型和3处纯合基因型。通过连锁不平衡分析发现,这8个SNPs在深县猪基因组中不连锁,不具备单倍型。