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羊肚菌(Morchella),是世界公认的珍稀食药用菌,亦是我国重要出口创汇野生食用菌。新疆特殊的地形和气候条件孕育了丰富的野生羊肚菌资源,其在充分发挥保护森林、草原等生态效益的同时,也为新疆食用菌产业的可持续发展提供了重要保障,是新疆珍贵真菌资源宝库中典型代表种之一。已有研究在新疆野生羊肚菌资源调查方面具有良好积累,但关于其分子鉴定及其分子系统学和遗传多样性的研究鲜有报道。本研究在资源调查和收集的基础上,借助传统生物学和现代分子生物学方法,围绕羊肚菌分离株鉴定、物种多样性、遗传多样性等开展了系统分析,旨在揭示新疆野生羊肚菌的物种组成、居群的遗传多样性和遗传结构,为新疆野生羊肚菌资源的保护和可持续利用提供理论指导。论文的主要研究内容和结果如下：1)新疆野生羊肚菌形态学初步研究：参照《大型真菌图鉴》,按照羊肚菌子实体大小、颜色和形状等特征,将采集到的236份样品分为黑色羊肚菌类群和黄色羊肚菌类群。其中,黑色羊肚菌类群包括尖顶羊肚菌(M.conica)、黑脉羊肚菌(M. angusticepes)、高羊肚菌(M.elata)和半开羊肚菌(M.semilibere);黄色羊肚菌类群包括羊肚菌(M.esculenta)和粗柄羊肚菌(M.crassipes)。2)新疆野生羊肚菌分离株的分子鉴定：通过组织分离法获得3株性状稳定的野生羊肚菌菌株,rDNAITS序列分析证明3株菌株均为黑脉羊肚菌(M. angusticepes)。3)新疆野生羊肚菌的物种多样性：基于rDNA ITS序列分析表明,31株来自不同地区、形态各异的代表新疆野生羊肚菌物种多样性的样品分别属于黑色羊肚菌类群和黄色羊肚菌类群,黑色羊肚菌物种构成为Mel-17/19/20/34, Mel-23/24/31/32, Mel-13/26和Mel-2；黄色羊肚菌物种构成为Mes-17(M.vulgaris),Mes-6和Mes-1(M.prava)。ITS序列可以将黄色羊肚菌和黑色羊肚菌区分开,但不能很好地将由形态特征建立的各物种区分开。4)新疆野生羊肚菌的分子系统学：基于ITS+RPB1+RPB2+EFla四个基因片段的联合分析证明,黑色羊肚菌类群由Mel-19, Mel-31(M.pulchella),Mel-13, Mel-33和Mel-2构成；黄色羊肚菌类群由Mes-17(M.vulgaris)和Mes-6构成。构成野生羊肚菌类群的7个物种中,分布于新疆塔城地区的Mel-2及分布于新疆霍城县的Mes-17在中国尚未有报道,为中国新纪录种。5)新疆野生羊肚菌遗传多样性：利用ISSR分子标记技术对25个野生羊肚菌自然居群共190个个体的遗传多样性及居群遗传结构进行了研究。13条ISSR引物共检测到118个位点,其中多态性位点116个,多态位点百分率(PPB)为98.31%,Nei’s基因多样性(H)为0.2404,Shannos’s多样性信息指数(Hsp)为0.3793,表明羊肚菌属在物种水平表现出较高的遗传多样性。而在居群水平上,各个居群的多态位点百分率(PPB)平均为41.99%,Nei’s基因多样性(H)为0.1527,Shannos’s多样性信息指数(Hsp)平均为0.2279,说明小居群在进化上遗传变异减缓,遗传多样性较低。ISSR标记同时揭示羊肚菌居群存在一定程度的遗传分化(Gst=0.3718),居群间的遗传变异占总变异的37.18%,居群内遗传变异占62.82%,遗传变异主要存在于居群内部。基因流(Nm)为0.8447,小于1.0,进一步证实野生羊肚菌居群存在一定程度的遗传分化。