分离自芦苇根系一株芽生球菌的新菌鉴定及全基因组分析

来源 :内蒙古大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lyk_csdn
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芽生球菌(Blastococcus)在1970年首次分离,2006年正式从弗兰克氏菌科(Frankineae)划分出来归为地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)的芽球菌属,包含11个有效记载种(https://lpsn.dsmz.de/genus/blastococcus),多数分离自沙漠、岩石、砖头、海洋等贫营养环境。本研究以分离自内蒙古哈素海湿地芦苇根系样的芽生球菌菌株LR1为对象,利用多相分类法对其进行分类鉴定以及全基因组分析。菌株LR1T属于地嗜皮菌科芽生球菌属的潜在新种。菌株LR1T为革兰氏阳性菌,好氧,球状,无鞭毛。基于16S r RNA基因序列的系统发育分析表明,菌株LR1T与Blastococcus属模式菌Blastococcus aggregatus CPCC 205347T(98.7%)的相似度最高。菌株LR1T与Blastococcus属其他亲缘菌的平均核苷酸相似度(Average Nucleotide Identity,ANI)和数字DNA-DNA杂交(digital DHA-DNA hybridization,d DDH)最大值分别为86.39%(<95%)和31.7%(<70%)。氧化酶和过氧化氢反应均为阴性。又与其近缘菌存在较大的生理生化差异,提示该菌为较新的物种。主要脂肪酸(>10%)为anteiso A-C17:1;anteiso-C17:0;C17:03OH,极性脂为二磷脂酰甘油(Diphosphatidylglycerol,DPG);磷脂酰乙醇胺(Phosphatidyl ethanolamine,PE);磷脂酰胆碱(phosphatidylcholine,PC);磷脂酰肌(phosphatidylinositol,PI)和一种未知脂质(unidentified lipids)。菌株LR1T基因组G+C%含量为73 mol%。模式菌株为LR1T(=NBRC115193T=CGMCC 1.19176NBRCT)。基因组测序结果显示,该菌株基因组大小为4.7Mb,10个contigs(N50为647057bp),共预测得到CDS区域3937个,RNA基因59个(t RNA为53个,r RNA为6个)。碳水化合物代谢途径分析表明,该菌具有潜在的纤维素降解功能。通过植物根系采样并进行微生物分离鉴定,系统地分类和鉴定出可培养的微生物,新种的发现丰富了根系微生物种类,填补了微生物基因数据库,为根圈菌种资源库及芽生球菌属的研究提供菌株资源。
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