医药制药业是国计民生的重要产业,且其市场潜力巨大,研发效率是衡量医药制药业等高新技术产业发展的重要指标。我国医药制药业全要素生产率的研究起步比较晚,之前的学者都采用营业收入和专利数量作为衡量医药制药业创新效率的产出指标。本文以主营业务利润和获批药物数作为研发产出的衡量指标,建立了一个更契合实际的效率测评模型。在医药企业效率影响因素研究方面,文章从两种视角对企业创新效率影响因素进行分析,外部市场环境因素包括市场化指数（樊纲指数）、市场集中度、地区差异等。公司内部治理结构的研究,文章选取了管理者素质、公司规模、企业成长能力、资产负债率、股权集中度。在此基础上,文章对这些因素影响全要素生产率的渠道进行了分析。本文得出的结论有:（1）新构建的医药企业TFP效率评价模型通过了显著性检验,拟合优度为0.5949,并绘制了方程式。该模型可以为医药企业提供效率优化和改进策略,为医药公司改进效率提供参考,适合对我国医药制药业企业研发及经营状况进行分析。（2）文章从外部市场环境因素和公司内部治理结构的视角选取了8个因素对TFP的影响进行了分析,并同时对影响TFP的渠道Techch、Sech、Pech和Effch进行了分析,得出企业成长能力和股权集中度和企业负债率都较大地影响了TFP。企业成长能力显著地影响了Techch（技术进步效率）而对TFP产生了较大的影响。股权集中度较大地影响了Effch和Pech从而显著地对企业TFP产生了较大的促进作用。同时,樊纲指数与TFP存在微弱的正相关关系。企业负债对TFP有较大的负作用。公司规模与TFP也存在比较强的负相关关系。（3）通过对外部市场环境因素及公司内部治理结构分析,发现外部市场环境对创新效率的影响大于公司内部治理结构。本文的创新之处在于:参考国外医药制药业和我国医药制药业R＆D测评相关文献,首次将上市医药企业获CFDA批准的药物数作为衡量我国医药上市公司全要素生产率的产出指标。在输出变量方面,首次将获批药物数和企业主营业务利润同时作为企业经营效率的产出变量;以研发资金投入、研发人员投入作为投入变量,对医药企业全要素生产率进行测度。本文通过DEA方法测评企业效率,将测评后的效率作为因变量,用樊纲指数、管理者素质、公司规模、企业成长能力、企业资产负债率、市场集中度、股权集中度、企业所在地区差异作为自变量进行影响因素回归分析,得出影响全要素生产率的主要因素及其相关系数,根据回归结果列出模型方程。目前还没有医药产业的文章将这8个影响因素同时进行影响因素分析。文章同时分析了这些因素影响全要素生产率的渠道,即影响因素是通过对技术效率、纯技术效率、技术改进效率、规模效率产生影响,影响多大,从而去影响全要素生产率。对渠道进行分析在医药产业影响因素分析中比较少。