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本研究以金沙江下游以及三峡水库长江干流和典型支流澎溪河为主要对象,在优化水体CH4、CO2浓度顶空测量分析方法基础上,分析夏冬两季金沙江下游水-气界面CH4、CO2通量特征及影响因素;并通过对三峡水库干支流水-气界面CH4、CO2通量的监测,分析了其特征,阐释不同区段水-气界面CH4、CO2通量影响因素。本研究获得以下主要结论:(1)夏季CH4通量与p(CH4)、风速正相关,而CO2通量与p(CO2)、DIC、TA、风速正相关,冬季CH4通量与p(CH4)、风速、水温正相关,与Chl-a、TA负相关,而CO2通量与p(CO2)、风速正相关,与DO、Chl-a、DOC负相关。夏季金沙江下游水-气界面CO2通量在世界主要河流中属于中等水平,而CH4通量则较低,水电站建成后造成的温室效应作用不明显。(2)2016年5月到2017年2月,三峡水库蓄水后,CO2与CH4通量整体均呈下降趋势。干流CH4通量与p(CH4)、水温正相关,与电导率、DO负相关,而CO2通量与p(CO2)、水温正相关,与电导率、DO、pH值负相关;支流CH4通量与p(CH4)、水温、pH值正相关,而CO2通量与p(CO2)、风速正相关,与DO、pH值、Chl-a负相关;整体上CH4通量与p(CH4)、水温正相关,与电导率负相关,而CO2通量与p((CO2)正相关,与DO、pH值负相关。干流河流区到过渡区,水-气界面CO2扩散通量有所减小,说明水库对河流水体CO2释放有一定缓解作用。整体上干流CO2通量大于支流,支流CH4通量大于干流。三峡库区水-气界面CO2通量高于一般河流,在世界主要水库中处于中等水平;CH4通量值较低,水库对CO2与CH4的排放并不明显。(3)夏冬两季金沙江下游库区段水-气界面CO2通量整体均大于三峡库区段,冬季两库区段CO2通量均低于夏季。夏季三峡库区段水-气界面CH4通量高于金沙江下游库区段,而冬季则较低。夏季金沙江下游库区段TC整体高于三峡库区段,冬季蓄水后三峡库区段较高,库龄与水库的运行可能是影响水库水-气界面CH4、CO2通量排放的影响因素。