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蛋白质设计和网络药理学是生命科学中两个正在快速发展的新兴领域。计算机辅助蛋白质设计能够通过能量函数约束的构象搜索优化过程,对蛋白质的结构、性质和功能进行创新性的改造,实现特定的设计目的;网络药理学能够应用数学、物理学等学科的知识,从海量的生物学、药学数据中提取有效知识,指导药物靶标发现和新药研发。本论文从这两个领域的基本方法论出发,构建相应的研究方法并应用于具体的研究案例,为探针设计、中药方剂的作用机制阐明和活性化合物发现提供了新的思路和有价值的结果。具体研究内容简述如下:论文第一章对整个论文的研究