本研究利用ITS序列及ITS-RFLP分析,对福建省食用菌种质资源保藏管理中心的10种食用菌、367个菌株进行分子鉴别技术研究,清除了同种异名和同名异种的菌株,并建立了食用菌生物学种的鉴别技术。1通过ITS序列测定,对库存菌株进行初步的判断,建立了种间ITS分类体系,对同种异名,同名异种现象进行了排查。2使用了AluI、HindIII、HaeIII、MaeI、XhoI、MspI、AccII七种酶,对10种食用菌、367个菌株酶切分析,有效的清理了混乱菌株。ITS测序分析结果和部分菌株出菇的子实体相吻合,表明了我们建立的ITS-RFLP方法的准确、快捷和可靠性。通过酶切结果分析发现,7株云芝菌株混有一株其他的菌株,并通过HindIII酶将7株分为四类;66株鸡腿菇菌株混有两株其他的菌株,通过HaeⅢ酶将66株分为三类;37株真姬菇菌株混有一株其他的菌株通过XhoI将37株分为二类;66株茶树菇菌株通过AccII酶切分为两类;19株长根菇经过MspI酶切可以分4类;14株竹荪菌株混有一株其它菌株通过HaeⅢ酶切可以将14株分为二类;123株灵芝菌株混有一株云芝,通过MspI和HaeIII酶切可把供试123株菌株分为四类;9株大杯蕈菌株中混有一株其他的菌株通过AluI酶切可以将9株分为二类。6株茯苓菌株经测序判定属于Poria cocos种属1株麦角菌株经测序为三线镰刀菌。本研究采用ITS序列及ITS-RFLP技术,对10种食用菌种间及种内关系进行了研究,结果表明,ITS-RFLP有很好的稳定性和重复性,对食用菌菌株种性的快速鉴定具有指导意义。