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目的：1.探讨免疫相关基因和代谢相关基因与新疆哈萨克族食管癌发病的相关性;2.评价HLA-DRB1*0901、TAP2379、TAP1637及MTHFRC677T作为新疆哈萨克族食管癌人群筛检指标的作用和意义。方法：1.按筛检实验的评价方法,以胃镜+组织病理学检查为金标准,筛选出2006年11月至2010年10月新疆北部6所医院确诊为食管癌的哈萨克族新发病例,共125例；从已收集的资料中选出经组织病理学确诊未患食管癌及食道疾病的非病例,共250例；2.采用PCR-RFLP技术检测125例哈萨克族食管癌患者和250例对照人群血样中CTLA-4的基因多态性,应用PCR或PCR-RFLP方法补充检测HLA-DRB1*0901、TAP2379、TAP1637各160例；MTHFRC677T及CYP2E1各400例；3.统计处理利用SPSS13.0软件包,采用条件Logistic回归分析与食管癌相关的危险因素；用筛检试验的方法评价HLA-DRB1*0901、TAP2379、TAP1637及MTHFRC677T这些指标单独检测及联合检测的真实性及可靠性。结果：1.单因素条件Logistic回归分析：在病例和对照组间比较,HLA-DRB1*0901等位基因阳性,TAP2379、TAP1637、MTHFRC677T及CYP2E1基因多态性在病例和对照组间比较,差异均有统计学意义,是哈族食管癌发生的危险因素,其OR值分别为：1.919(95%CI：1.273-2.892)；1.882(95%CI：1.323-2.677)；1.711(95%CI：1.199-2.442)；1.853(95%CI：1.240-2.769)；1.425(95%CI:1.004-2.024)。CTLA-4+49A/G基因型差异没有统计学意义(χ2=0.275,P=0.600)。2.多因素条件Logistic回归分析：除CYP2E1基因多态性外,HLA-DRB1*0901等位基因阳性,TAP2379、TAP1637及MTHFRC677T基因多态性改变均为哈族食管癌发生的危险因素。其OR值分别为：1.620(95%CI：1.065-2.464)；1.715(95%CI：1.201-2.449)；1.473(95%CI：1.020-2.126)；1.526(95%CI：1.011-2.303)。3. HLA-DRB1*0901、TAP2379、TAP1637及MTHFRC677T单独检测哈族食管癌的灵敏度分别为：24.0%,44.8%,58.4%,74.4%；特异度分别为：90.8%,77.2%,61.6%,45.6%。4. HLA-DRB1*0901、TAP2379、TAP1637及MTHFRC677T两两分别联合检测哈族食管癌,灵敏度最高的是MTHFRC677T和TAP1637联合检测的并联试验,其灵敏度高达88.0%,特异度为32.0%5.免疫相关基因HLA-DRB1*0901、TAP2379及TAP1637联合检测的并联试验的灵敏度为83.2%,特异度为45.2%；HLA-DRB1*0901、TAP2379、TAP1637及MTHFRC677T联合检测的并联试验的灵敏度为91.2%,特异度为23.6%。结论：1HLA-DRB1*0901等位基因阳性、TAP2379、TAP1637及MTHFRC677T基因多态与新疆哈族食管癌的发生相关；CTLA-4+49A/G及CYP2E1多态性与新疆哈族食管癌的发生不相关。2.单独检测新疆哈族食管癌建议使用MTHFRC677T做为筛检指标。3.联合检测新疆哈族食管癌建议MTHFRC677T和TAP1637并联检测,灵敏度比MTHFR单独检测提高13.6%。