近年来我国医药制造行业参与国际竞争的方式,由过去大宗原料药出口、欧美代工逐步向仿制药国际注册、创新药国际注册转型,产品出口附加值逐年提高,在这样的背景下,医药制造业的研发创新能力对于企业能否取得竞争优势至关重要。然而由于新药的研发往往需要企业投入大量的资源,且研发周期较长,难以在短时间产生结果,造成了医药制造业研发成本与研发风险较高。为了有效降低企业研发过程中的风险和投入成本,加大对科技型企业的政策扶持,我国政府于2008年正式将研发费用加计扣除优惠政策以法律形式予以确认并推出了50%的加计扣除率。2018年,中美贸易摩擦对我国科技自主创新能力提出了严峻的挑战,对中国科技而言,面对复杂多变的国际形势,必须加大基础研究投入,为独自在科技“无人区”探索提供战略导航。在这样的背景下,政府为鼓励企业进一步加大创新投入,将研发费用75%的扣除率的适用范围扩大至全企业,该政策变动会对我国医药制造业产生怎样的影响呢?本文采用案例分析法,选取了近年来研发投入力度大且增长迅速的复星医药为案例企业,结合内生增长理论,成本管理理论,市场失灵理论,详细分析政策变化对企业研发投入的影响,在此基础上探究企业研发投入对创新绩效的影响途径,并使用熵权TOPSIS法对企业创新绩效做出评价。最终得出结论:“研发费用加计扣除政策变化提高了复星医药研发投入的积极性,随着研发投入的增长,复星医药的创新绩效亦逐步提高”,并结合复星医药的实际情况提出继续加大研发投入,充分运用政策以及提高创新产出和业务盈利能力的具体建议,为同行业相似企业提供参考。