高密度分子连锁图谱的构建可为家蚕分子辅助育种提供理论基础。家蚕是一种雌完全连锁的物种,通用的连锁图构建软件Mapmaker没有考虑染色体不发生交换的物种。吴吉祥等针对此发表了“非交叉配子形成体的连锁图谱构建方法”,并针对家蚕开发了F₂lnkgSilk作图软件,但至今尚无利用此软件构建家蚕连锁图谱的报道。另外,目前利用同一个作图群体构建多种分子标记连锁图的研究还比较少,给家蚕分子图谱的整合工作带来很大的困难。本文就上述问题进行了相关探讨:1、以F₂代91个个体为分离群体的300个AFLP标记和69个F₂代个体为分离群体的470个RAPD标记为材料,应用Mapmaker和F₂lnkgsilk两种不同的作图方法,进行了比较分析。结果显示:用F₂lnkgsilk软件分析得到的分群数与Mapmaker方法相比有所增加,总图距显著增加,平均图距也有较大的增加,但产生的二联体数基本相同;就单个连锁群而言,使用F₂lnkgSilk软件分析得到的总图距和平均图距也相应增大,且有很多两个标记间的图距大于50cM的情况,反映了该方法的部分不完善性。2、构建了一个以大造、C108为亲本,以其F₂代92个个体为研究对象的作图群体,设计RAPD引物和SSR引物,构建了家蚕RAPD-SSR分子标记综合图谱,得到如下结果:（1）101条RAPD引物,在两亲本间共得到386个多态性位点,平均为3.8位点/引物。经χ2检测后,有303个位点符合3:1的分离比,占总数的78.5%,其中大造137个,C108 166个。98对SSR引物,有62对引物出现多态性位点,占总引物数的63.3%。经χ2检测后,有56对引物的扩增结果符合1:2:1的分离比,占总数的90.3%.（2）303个RAPD多态性标记和56个SSR多态性标记共359个标记用Mapmaker软件进行了图谱构建,其中连锁的143个标记构成了33个群,占有效位点的39.8%,,占总多态性的31.9%。（3）33个连锁群中,最大的连锁群为第2连锁群,共24个标记,最小的连锁群只有两个标记。最长的连锁群为705.7cM,最短的连锁群为1.1 cM,位点间的最大图距为89.1 cM（大于50cM的只有此一个）,最小图距为1.1 cM。（4）33个连锁群覆盖基因组的总长度为2940.9 cM,每条连锁群的平均长度为89.1 cM,家蚕有28个染色体,本文所构建的连锁群总数为33个,说明这些连锁群中有些是相互连锁的。3、将得到的RAPD-SSR两种标记的连锁图,与Miao等（2005）已发表的28对染色体对应的SSR图谱进行了比较,本文得到的33个连锁群中包含RAPD标记的群体共28个,包含SSR标记的群体共12个,其中7个RAPD-SSR群可以精确定位到相应的染色体上,另外5个SSR群与RAPD标记不连锁。随着该分子连锁图谱标记密度的增加和标记种类的增加,可望用于家蚕经济性状的QTL研究和家蚕分子图谱的整合,为家蚕分子标记育种技术的建立和应用提供重要的参考依据。