λ噬菌体生活周期的形式化建模与分析

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随着计算机科学的发展,它与其他学科交叉产生很多了新的研究领域,其中与系统生物学的结合就是一个重要的研究方向。这主要包括两方面的内容:其一是计算机基础科学,例如进程代数的发展延伸至生物学中,产生了适合某些生物子领域中的模型,从而可以对生物过程进行建模和推理,并通过对生物过程的表述分析该种演算的特点,如κ-演算、Brane演算、BioAmbient等;其二是将从生物系统中的各种结构和功能中抽象出计算模型,应用到计算机科学中,如膜计算(Membrane Computing)等。本文正是在这两个方向的基础上,使用两种生物进程演算(κ-演算和Brane演算),以及一种从生物细胞的结构和功能中抽象出来的计算模型(P系统)对λ噬菌体侵蚀大肠杆菌细胞的特定生物过程进行建模,并分析各个模型的特点,从多个角度进行比较。在建模的过程中,针对各个方法的特点,也适当地对演算做了一些改变:如在κ-演算中引入虚拟位点,在Brane演算中,基于原有的操作构建宏操作以及添加一些额外操作等。可以看出,通过对这种特定的生物过程进行建模,促进了对系统生
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