明晰产权是现代市场经济发展的根本要求。而水权是产权在水资源领域中的运用。因此，水权清晰也是必要的。当前，随着经济快速的发展、水资源的严重短缺和水污染问题的日益严重成为经济学家们关注的焦点。在这一推动下水权制度的理论与实践的研究、水权的销售与转让等成为经济学家们研究和讨论的热点。 本文通过对有代表性的国内外水权、水价制度及水市场的分析研究，提出了国内外水权、水价制度值得内蒙古自治区水权、水价以及水市场改革借鉴的经验和思路。然后从内蒙古自治区的水权制度管理现状出发，以水权理论、博弈论以及与经济学相关的其他理论为基础，结合内蒙古自治区的实际情况，运用了理论联系实际、定量分析与定性分析相结合的方法，全面客观的分析了内蒙古自治区水资源供求矛盾以及水权制度中存在的主要问题；通过建立不存在水权交易市场和存在水权交易市场的地区之间水资源利用的博弈模型，提出了内蒙古自治区建立水权市场机制的紧迫性和必要性；并进一步说明了建立和完善内蒙古自治区水权市场机制是解决内蒙古自治区水资源供求矛盾的根本途径、同时也是实现水资源优化配置的基本保障的观点； 本文最后结合鄂尔多斯市水权管理这一案例，探讨了内蒙古自治区水权市场建立与管理的基本思路，本论文对实现内蒙古自治区水资源有效配置和高效利用具有一定的现实指导意义。