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胫色是家鸡重要的质量性状,主要受真皮色素抑制因子(inhibitor of dermal pigmentation,Id)控制。Id位于在Z染色体长臂末端,有学者在此处发现了与Id显著关联的位点,但未能精确定位Id。本研究利用自建的资源家系和鸡600K Affymetrix Axiom HD芯片数据,针对深色胫进行全基因组关联分析(genome-wide association analysis,GWAS),对显著关联位点进行验证,并在候选区域进行扩增测序。发掘的序列变异可以为深色胫提供分子标记,对促进Id的精细定位具有指导意义。Id控制的深色胫是伴性遗传性状,利用Id建立胫色自别雌雄配套系是可行的。在深色胫公鸡和浅色胫母鸡的杂交后代中,母鸡表现为深色胫,公鸡表现为浅色胫,23日龄之后可靠胫色分别雌雄,准确率达100%。但是出生时该方法准确率不高,因为部分母鸡出生时为浅色胫,随着日龄增长逐渐变为深色胫,这个现象我们称为胫色转化。目前没有研究针对胫色转化。为了研究胫色转化的基因调控模式,本研究利用资源家系内深色胫公鸡与白莱航母鸡杂交,产生12只后代母鸡,分为1日龄深色胫组(4只),胫色转化组(8只),通过转录组测序分析研究两组在1日龄,10日龄和20日龄时鸡胫组织中的基因表达水平差异,并构建共表达网络筛选调控胫色转化性状的核心基因,在m RNA水平诠释胫色转化形成的机理,为建立胫色自别雌雄配套系提供理论基础。本研究主要结果如下:1.GWAS显示鸡Z染色体78,556,447bp(gal Gal4.0)处存在与黑色胫极显著关联的SNP(P value=9.54E-29),家系内酶切分型结果证明了该位点与黑色胫的相关性显著。在距离该SNP附近发现黄胫个体有一段缺失,在家系个体中利用PCR及凝胶电泳验证了该缺失与黄色胫显著关联。2.利用吐鲁番斗鸡与白莱航母鸡杂交,验证了深色胫伴性遗传的规律,且在杂交后代中深色胫母鸡都表现胫色转化。3.通过差异表达基因分析和功能分析,发现差异表达基因与黑色素细胞分化功能存在显著相关性,并且鉴定了9个在各个日龄都显著差异表达的基因,包括OCA2,RASGRP3,CRP,SLC24A5,TRPM1,PAX3,EDNRB2,MLPH,ENSGALG00000037596。4.通过构建共表达网络,预测了与性状关联的模块,并发现模块内的基因与黑色素细胞分化功能显著相关,筛选出模块内核心基因TYR,TYRP1,MLPH,MLANA,OCA2,EDNRB2,PMEL。综上所述,本研究在资源家系内鉴定了两处与胫色显著关联的序列变异,证明Id位于Z染色体78Mb(gal Gal5.0)附近;吐鲁番斗鸡与白莱航母鸡杂交实验证明深色胫是伴性遗传性状;转录组测序分析揭示了两组黑色素细胞分化功能存在差异,因此本研究认为调控该功能的EDN3是1日龄母鸡深色胫的候选基因,胫色转化是深色胫的正常表达模式。