由于家庭联产承包责任制枯身的体制方面的固有弊端,但是家庭联产承包责任制随着社会的变化在不断进步创新,由此产生了一种新的合作方式即为农民专业合作社。这种新的经营模式攻克了农民和市场之间的根本问题,不仅化解家庭联产承包责任制的局限性,还能够加快农业产业化的进程。加快土地流转和快速城镇化,是实现农业专业化管理的一种重要的组织形式,是新时期解决“农民增收、农村稳定、农业增长”,加快农业的产业化进程等问题最有效的手段。农民专业合作社的不断推行和壮大,可以全面的促进现代农业的进步,农民生活的全面提高和改善,对农村产业的改变也有推波助澜的作用,其在推进社会主义新农村建设方面占有领导性地位。保障农民专业合作社发挥其重要作用的基石是：防止搭便车情况、委托关系、合作社成员质押的制度、监管人员的任命等问题的全面的分析、处理与解决。从现代企业制度的视角对农民专业合作社与公司的治理进行对比分析。然后在云南建水县选取4个农民专业合作社进行调查研究,并选取部分合作社管理人员及合作社上级主管部门进行访谈,对建水县农民专业合作社当前经营情况进行调查,应用该制度的理论建设和实际调查对新型合作社的经营管理制度的重建提出实现路径与大力发展股份制合作社、强化内部激励机制、理事会民主决策代替社员民主决策、还有健全合作社的监管制度等新手段。