高等学校在本质上是一种学术组织,但从高校的经费流量来看,从管理意义而言它也是一种“经济组织”。作为“经济组织”的高等学校就要做到投入产出的最大化,然而现在我们很多高校无法做到一点,而且高校内部还存在着非常严重的经费浪费,经费使用效益低下等现象。这些都是由高校内部经费配置不合理引起的。本文在分析高校内部经费配置不合理的基础上,探讨了引起高校内部经费配置不合理的原因、影响高校内部经费配置的因素、高校内部经费科学配置的原则、高校内部经费配置应处理好的两个关系,最后提出了笔者有关高校内部经费配置的观点:作为一个社会组织,高校必须要有可行的经过一定努力能够实现的目标,以凝聚高校内的潜力,保证经费配置在正确的目标指引下,取得预期的效果;目标制定后,根据目标采取零基预算法(Zero-Based-Budge)对高校内部的经费使用进行预算,保证各院系在公平的基础上获得经费,提高院系办学的积极性,将经费配置到最能实现学校目标与价值的环节;预算确定后最重要的是进行成本核算,保证各项工作按计划进行,保证经费配置目标的实现。