随着市场经济不断发展,国有企业改革力度不断加大,党在十八届三中全会上再次强调,积极发展混合所有制经济,实现国有资本、集体资本和民营资本等非公有资本交叉持股、相互融合。混合所有制经济迅速发展,有利于巩固国有经济的主导地位,实现基本经济制度,但公私资本融合的产权结构在公司治理与控制体系方面出现诸多新问题,基于此,论文采用上市公司2013年的数据,运用规范分析与实证研究相结合的方法研究混合所有制下内部控制的有效性。首先,根据大股东信息筛选出892家公私股东共存的上市公司作为混合所有制企业样本,根据实际控制人性质筛选出338家和1168家上市公司分别作为国有企业和民营企业样本。然后,基于内部控制相关理论,结合三类不同所有制企业各自发展现状和存在问题分析其内部控制体系设计与执行的有效性,实证研究发现,混合所有制企业的有效性显著高于国有企业,但并不显著高于民营企业,说明混合所有制企业可以提高国有企业的内部控制有效性。最后,主要针对混合所有制企业进行研究,经过多元回归分析得出如下结论：内部控制有效性与国有持股比例呈“倒U型”关系,当其比例在19.69%时有效性达到极大值；与第一大股东持股比例呈显著正相关关系；相比实际控制人性质为公有时,其性质为非公有时内部控制的有效性更高。根据研究结论,为混合所有制企业内部控制的设计和执行提供以下建议：产权一定要明晰；国有持股比例范围必须适度；可以适当提高第一大股东持股比例,但是同时要保证中小投资者保护机制的建立与完善。