现代高等学校的教学管理是一个多功能、多要素、结构复杂、范围广泛的综合系统。社会主义市场经济体制基本形成和逐步完善，现代农业的发展和教育创新的推进对高等学校内部管理体制改革提出新的要求，高校教学管理体制和运行机制创新势在必行。本研究从教学管理创新的角度，从本科教学管理诸要素和各个环节内在联系入手，主要采用文献研究(文献法)与典型调研(访谈法)相结合，规范分析、比较分析与实证调查相结合的方法，以高等农业院校为研究对象，探索建立与素质教育相适应、有利于培养学生创新精神和实践能力、促进学校整体推进教学改革的本科教学管理体制、组织体系和运行机制。 本文从改革创新的必要性与合理性、思想观念创新、体制和组织体系创新、改革实践经验总结等方面概述了本科教学管理体制和运行机制改革的研究进展，简要总结了教学管理体制和运行机制的改革探索。通过比较分析，对七国大学教学管理体制和教学制度进行了描述性分析，概述了我国大学教学管理体制和运行机制的特点和改革趋势。 立足于审视现行高校本科教学管理体制与运行机制存在的突出问题、面临的新形势、新要求和改革的合理性，本文简要阐述了经济体制转型、现代农业发展、教育教学改革的宏观和微观环境对高等农业院校本科教学管理体制与运行机制创新的要求。 从总结教学管理实践的有益经验出发，在阐述大学本科教学管理体制和运行机制创新的理论依据、基本原则的基础上，本文提出以整合思想创新高等农业院校本科教学管理体制和运行机制，并阐述了整合思想的基本内涵和在教学管理中的主要应用。 本文提出以坚持科学发展观为核心创新教学管理理念，阐述了本科教学管理体制和运行机制创新的目标、思路、原则和基本架构。提出建立以学院为主体，校、院、系三级本科教学管理体制，着重阐述了学校层面教学管理组织和“多层环状”教学管理系统的架构。提出构建体现整合思想、开放的激励型教学管理运行机制，着重阐述了教学质量综合评价体系及其优质优酬机制、学生全面素质综合测评体系及其激励机制、院系级教学工作评价体系及其奖优扶重机制的架构。本文还简要总结和评述研究的创新成果和不足，提出了下一步研究的建议。