日本沼虾(Macrobrachium nipponense)自然分布于中国、日本、越南以及缅甸等地区,广泛分布于我国各地淡水水域。这一物种资源量在长江中下游地区是非常丰富的,特别是太湖地区。该品种在中国和日本是重要的淡水经济虾类。近年来,由于过度捕捞,自然栖息地的退化使得日本沼虾野生群体的种群遗传结构和资源量急剧下降。因而开展遗传多样性分布和野生群体遗传结构的研究对制定保护措施显得尤为重要。利用ISSR分子标记技术对江苏长江和太湖2个地区日本沼虾群体的遗传多样性进行了分析。结果显示：75个ISSR引物中有6个引物能扩增出清晰条带,6个引物对两个群体各24个样品扩增出34个位点。日本沼虾长江和太湖两群体的多态位点比率为76.47%和73.53%,Shannon’s(?)旨数分别为0.3480和0.3465,Shannon’s指数估算和AMOVA分析均显示日本沼虾的遗传变异主要来自于群体内个体间。日本沼虾UPGMA系统树基本依据不同群体分别聚类,表现出一定的遗传趋异。结果表明：两个地区日本沼虾群体的遗传多样性处于较高水平；日本沼虾江苏地区长江和太湖两个群体间存在一定的遗传分化。采用AFLP技术分别对太湖、长江日本沼虾群体各30尾的基因组DNA进行了群体特异性位点比对分析,并对各位点基因频率分布进行正态性检验、方差齐性检验(F检验)、样本平均数差异显著性检验(t检验)。结果显示：3对引物共扩增出138个位点；太湖组是独立于长江组的群体,而且它们是两个分化了的野生群体；采用变异性的显著性检验(x2检验)对位点进行差异比较发现,23个位点在太湖组中出现的频率显著高于长江组,其中位点BY160、BY320、BY470、 BY520是与太湖群体分化显著关联的位点,可作为区别太湖野生群体与长江野生群体的标记。对我国江苏省4水域日本沼虾40个野生个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析。经比对获得640bp核苷酸片段,发现36个变异位点,得到19个单倍型,包括4个共享单倍型,各群体都具有较好的单倍型多态性和核苷酸多态性,其中太湖和长江群体遗传多样性相对较高。MEGA3.1软件计算4群体的Kimura2-parameter遗传距离,长江群体和太湖群体之间的遗传距离最远为0.014,太湖群体和里下河群体之间的遗传距离最近为0.002。以同属其他沼虾为外群分别构建了NJ和UPGMA系统树.结果显示长江为一族群,太湖、里下河和洪泽湖为一族群。