在生态环境保护成为国家战略布局的背景下,大量企业依法取得的生效行政许可不再符合当前发展形势需要。行政机关基于公共利益考量,撤回了许多生效行政许可,关闭了众多企业,由此而引发的行政补偿问题也成为近年来司法实践中的热点问题。在企业生产经营中过程中,厂房建筑是被许可人实施行政许可的必要成本,是企业固定资产投资的重要组成部分,因而也是行政许可撤回后行政补偿的重中之重。但是由于我国长期以来存在不动产登记立法滞后、建筑管理规范混乱、制度衔接不畅、民众法律意识淡薄等问题,导致在企业中存在大量未经登记、未取得所有权证书的“无证建筑”。在行政许可撤回条件下,“无证建筑”能否获得补偿,补偿标准如何确定等问题争议较大。通过分析“无证建筑”、行政许可撤回补偿的基本概念、基本原则,梳理现有法律规范及司法判例,对行政许可撤回条件下“无证建筑”补偿的现实模式进行类型化分析,发现我国行政许可撤回条件下“无证建筑”补偿处理模式不一,适用标准混乱。结合理论分析及实践观察,归纳出我国行政许可撤回补偿差异化的原因。第一,补偿规范抽象,不具可操作性;第二,混淆“无证建筑”与违法建筑概念,造成“无证建筑”直接被认定为违法不予补偿;第三,中立性评估意见效力规则缺失,导致行政相对人因行政许可撤回造成的实际损失难以证明。基于对行政许可撤回条件下“无证建筑”补偿困境及原因的分析,行政许可撤回条件下无证建筑补偿制度的完善方向包括:第一,设置“无证建筑”调查认定程序,为“无证建筑”与“违法建筑”的分离提供程序路径;第二,明确行政许可撤回补偿法定规则,为行政许可撤回条件下“无证建筑”补偿提供适用指南;第三,确立共同委托评估机制,为实际损失的确定提供可行性操作路径。