对政府机关,各委办局的部门预算执行情况进行审计已经成为我国审计工作的主要工作内容之一。近几年来,新的政府会计制度、预算法先后颁布和实施,政府部门信息化建设力度不断加大,促使审计机关对部门预算执行审计工作加大改进力度,不断提高审计工作的效率和质量。再此背景之下,对现行的部门预算执行审计机制进行分析研究,对其存在的不足进行准确定位,并以之为依据,给出具有较高可行性的建议及对策,进一步完善我国的部门预算执行审计机制。在理论层面,国内外学术界均对部门预算执行审计进行了较为深入的研究,且建立了较为完善的理论体系,但是在部门预算执行审计的具体实践中,随着社会经济发展的日新月异,很多理论研究成果已经出现了较为明显的滞后性,不能对当下的部门预算执行审计工作进行有效的指导。所以本文将研究重点放在了部门预算执行审计的具体实践上,对E市S部门预算执行审计进行了案例研究,结合笔者实际参与此项目审计的工作经验,对该部门预算执行审计工作有待完善之处进行了探究,并以相关理论为依据,给出具有针对性的解决方案。希望本研究的结论可以在一定程度上丰富部门预算执行审计现有的理论体系,并为全国其他地市的同类型部门预算审计实务提供有价值的参考。本文首先对部门预算执行审计的应用及发展情况进行了概述,广泛的收集了国内外与本研究具有较高关联的文献资料,通过整理归纳,将国内外学术界在此课题上的研究成果进行总结,并以之作为本研究的理论依据。而后对近五年E市政府发布的审计结果公告进行了整理分析,初步了解了 E市审计工作的特点及部门预算执行审计工作的具体情况,通过对笔者参加主审的E市S部门预算执行审计的深入分析,发现了目前部门预算执行审计存在审计人力资源不足、审计覆盖率低、事前预算编制审计缺失、项目支出绩效评价不到位和审计整改后续监督不到位等问题。最后,从解决上述问题的角度出发,笔者提出了加快审计人员队伍的建设和培养、开展部门预算执行大数据审计、实施事前预算编制审计、加强审计整改执行情况检查等建议,并构建了一套以过程为基础、以结果为导向的项目支出绩效评价指标体系,从而为部门预算执行审计的完善建言献策。