黑龙江草蜥线粒体基因组全序列分析及不同地理种群Cytb基因的遗传变异

来源 :哈尔滨师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:kftgb1221
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黑龙江草蜥(Takydromus amurensis)隶属于爬行纲(Reptilia),有鳞目(Squamata),蜥蜴亚目(Lacertiformes),蜥蜴科(Lacertidae),草蜥属(Takydromus),主要分布在我国东北部的长白山脉及其延续地区。本研究主要包括3部分,即黑龙江草蜥线粒体基因组全序列的测定、我国蜥蜴科系统发育的研究及对黑龙江草蜥不同地理种群细胞色素B基因(Cytb)的比较。主要的研究结果如下:  1.黑龙江草蜥线粒体基因组全序列总长度为17333 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和1个控制区(D-loop),与已报道的脊椎动物线粒体基因组结构相似,在进化上具有高度的保守性。线粒体基因组中的碱基含量A为31.23%,C为26.06%,G为13.91%,T为28.8%,A+T含量(60.03%)大于G+C含量(39.97%);GC和AT偏斜值分别为-0.304和0.040。黑龙江草蜥与白条草蜥(T.wolteri)、南草蜥(T.sexlineatus)线粒体基因组全序列比较的结果表明,黑龙江草蜥与白条草蜥的亲缘关系较南草蜥近。  2.从线粒体基因组全序列的结构、长度、碱基含量、遗传距离等方面对我国蜥蜴科4属12种蜥蜴进行系统发育研究,结果表明,这12种蜥蜴的线粒体基因组全序列长度为17046~19914 bp,平均长度为18471 bp,结构均由13个蛋白基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和1个控制区(D-loop)组成;4种碱基含量中,G的含量最低,平均为13.46%,T和C的含量较为接近,平均为28.99%和26.56%,A的含量最高,平均为30.99%,且A+T的平均含量(59.98%)大于G+C的平均含量(40.02%);4个属的遗传距离表明,地蜥属(Platyplacopus)和草蜥属(Takydromus)的遗传距离最近,为0.207;麻蜥属(Eremias)和草蜥属的遗传距离最远,为0.321。  3.对黑龙江草蜥5个地理种群的Cytb基因进行测序和遗传多样性分析,结果表明不同地理种群Cytb基因的序列长度相同,均为1143 bp;27个样本共检测到27个变异位点,占总位点的3%,均为碱基转换和颠换;共定义了13种单倍型,单倍型多态度(Hd)为0.932±0.025,核苷酸多态度(pi)为0.00487±0.00038;Tajimas D和Fu’s FS值检测结果表明,这5个黑龙江草蜥种群相对于中性进化的歧异度并没有明显的偏离(P>0.1)。
其他文献
内生真菌几乎存在于所有已经研究过的植物中,经过长期与宿主植物的协同进化,与宿主植物间建立了稳定的和谐共生关系,且部分内生真菌具有产生与宿主植物相同或相似生物活性物