随着全球生物科技突飞猛进的发展,生物制药市场的竞争变得日益激烈。近几年,政府不断推出提倡发展生物制药产业的鼓励政策,为国内生物制药企业创新提供了良好的政策环境。但国内的生物制药企业多面临资金不足、技术创新力量短缺、自主创新能力较差等现状,无法单独进行生物制药产业的创新,因此产业创新联盟呼之欲出。整合多方资源,应用优势互补原则组建产业创新联盟,既可以解决单一企业资金不足问题,形成规模经济,又可在短期内快速提升企业的综合实力,在加大力度投入创新药品研发的同时最大限度的降低了新药投入市场的风险。在黑龙江,生物制药产业发展不均衡,尤其需要组建创新联盟,以大制药厂雄厚的经济实力及稳健的销售渠道为保障,支持小制药厂积极转变观念,抓住市场机遇,主动加大创新投入,抢先占领市场,大幅度提升联盟整体的创新能力,达到共赢的战略目标。本文首先以黑龙江生物制药产业为切入点,对生物制药产业创新现状进行系统分析,在此基础上对生物制药产业创新联盟进行需求分析。其次,构建了黑龙江生物制药产业创新联盟成员选择指标体系,提出用多目标决策法进行联盟成员的选择及应用AHP法计算指标权重。再次,在分析联盟运行中存在的主要问题基础上,设计产业创新联盟的运行机制,其中包括:联盟的协同创新机制、学习机制、冲突处理机制及联盟成员绩效评价机制。最后对黑龙江生物制药产业创新联盟提出几点发展对策。研究联盟的组建与运行机制,对联盟长久健康的有序发展有重要的现实意义。