番茄细菌性斑点病菌PMA-qPCR检测方法的建立及应用

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近年来,番茄细菌性斑点病在我国多个省份大面积发生,给当地的农民造成了严重的经济损失。本研究对引起番茄细菌性斑点病的病原菌的进行鉴定,建立了病原菌活细胞定量检测方法,并应用于病残体中病原菌活细胞的定量检测。主要的研究结果如下:(1)番茄细菌性斑点病病样采集及病原菌鉴定。2016至2018年,从北京、新疆、山东等蔬菜产区采集番茄细菌性斑点病疑似病害样本71份,通过致病性试验和分子生物学鉴定,明确引起番茄细菌性斑点病的病原菌为丁香假单胞杆菌番茄致病变种(Pseudomonas syringae pv.tomato,简称Pst),保存Pst菌株为55株。(2)建立了番茄细菌性斑点病菌荧光定量PCR检测体系。以Pst病菌的致病相关基因HrpZ为靶序列,设计了特异性引物Pst3F/Pst3R,特异性扩增出大小为161 bp的目的片段,建立了Pst病菌的实时荧光定量PCR检测技术体系。利用实时荧光定量PCR检测体系,检测模拟带菌种子检测下限为4.21 cfu/g种子,检测到1级发病叶片带菌量为4.15×10~2cfu/g叶片。对田间采集的63个番茄细菌性斑点病明显症状和疑似症状样本,分别进行了实时荧光定量PCR检测和常规分离鉴定,两种方法检测结果一致。建立的Pst实时荧光定量PCR检测体系具有特异性强、灵敏度高的特点,可以快速、准确地定量检测种子和发病组织中Pst的含量。(3)将叠氮溴化丙啶(Propidium monoazide,PMA)PMA与qPCR相结合,建立Pst活细胞定量检测技术。明确了PMA预处理的最佳浓度为10μmol/L,最佳处理时间为黑暗孵育20 min,曝光10 min。应用PMA-qPCR技术,研究了Pst在25%、50%、75%、90%等不同湿度处理条件下,处理0~30 d病残体中病原菌活细胞的动态变化。结果表明,空气和土壤湿度越大,病原菌死亡速度越快。90%空气和90%土壤湿度条件下处理30 d后,病残体内病原菌数目分别由初始6.43×10~5cfu/g、9.32×10~5cfu/g减少为2.30×10~1cfu/g和1.27×10~1 cfu/g,不同空气湿度和土壤湿度处理条件下,病原菌死亡速度差异不显著。本论文建立了基于PMA-qPCR的Pst活细胞定量检测技术,并应用于发病组织、种子和病残体中病原菌的检测,为病害早期诊断提供一种快速检测的手段,为病害生态防治提供理论依据。
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