长期以来,我国大学规模不断扩大,高校院系组织的设置表现出一定的盲目性和随意性,且高等教育质量下降。但从管理的角度来说,院系组织是大学的二级管理单位,是大学管理的核心层,院系设置的科学性和合理性直接影响着大学组织的有效运行。从人才培养和科学研究的角度看,院系组织是大学直接开展教育教学、科学研究的组织机构,院系组织的变革关系着高校人才培养的质量和科学成果的产出。在面对“双一流建设”和高校“内涵式发展”的新形势下,我国研究型大学担任着无比重要的角色,作为大学内部重要组织机构的院系,其设置合理性值得我们倍加审视。本研究运用文献研究法,对一流研究型大学、院系、院系设置的概念进行了解释和界定,以确定研究语境、研究视域;利用管理跨度理论、集成管理理论、规模经济理论、范围经济理论、知识创新群理论和知识转型理论分别从管理学、经济学、科学知识发展三个方面探讨院系设置的理论基础。此外,运用比较研究的范式,在结合院系设置的理论基础上,对中英两国一流研究型大学的院系设置总体情况进行比较分析,发现我国一流研究型大学院系设置存在以下问题:院系设置数量过多;院系设置口径偏窄;院系设置学科覆盖面小;跨学科设置院系较少且学科跨度小;院系设置重复现象较多。并从理论上对这些问题表象进行分析,认为这些院系设置问题的存在,会直接影响大学的管理幅度,降低大学管理效率;影响大学人才培养质量;阻碍大学科学知识的发展;容易造成大学教育资源的浪费。依据大学院系设置的理论基础,针对我国一流研究型大学院系设置存在的问题,提出了四个改善我国一流研究型大学院系设置的建议:合理控制院系数量,提升院系学科层次;试行学部制;重视特色院系发展;以学科专业目录为参照,规范院系名称,避免重复设置。