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目的： 本研究通过对6对结直肠癌组织和对应癌旁正常组织进行转录组测序，利用表达差异分析筛选与结直肠癌相关的lncRNA，在表达水平进行验证，并分析其与结直肠癌临床病理特征的关系，以期筛选出与结直肠癌相关的 lncRNA。同时进行lncRNA-mRNA共表达分析，寻找与lncRNA有关的肿瘤通路。 方法： 收集结直肠癌患者的癌组织及配对的癌旁正常组织，从中选择6对（3对临床分期Ⅱb期为第一组、3对临床分期Ⅲb为第二组）12个样本进行转录组测序；根据配对T检验（p<0.05）、|log2FC|≥1、MaxFPKM(N,T)≥1三个条件进行差异表达lncRNA和mRNA的筛选；利用DAVID v6.8对差异表达的mRNA进行GO及KEGG分析（FDR<0.05）；从差异表达的lncRNA中筛选表达差异大且稳定的lncRNA作为候选lncRNA，采用qRT-PCR在60对癌组织及配对的癌旁正常组织中进行验证，并分析候选lncRNA与结直肠癌临床病理特征的关系；选择所有差异表达的lncRNA和mRNA进行共表达分析，计算差异表达的lncRNA与差异表达的mRNA在6个病人12个样本中表达量的皮尔森相关系数R和p值，采用Ctyoscape画出lncRNA-mRNA共表达关系网络，利用DAVID v6.8对共表达的mRNA进行GO和KEGG富集分析（FDR<0.05），对与肿瘤发生发展密切相关的通路进行lncRNA-mRNA共表达的通路映射分析。 结果： 1.平均每个样品检测到18489个mRNA和9753个lncRNA的表达，占GENCODE v19总注释基因数（mRNA：20730，lncRNA：13869）分别为89%和70%，其中表达量FPKM≥1的mRNA和lncRNA为12773和1669个，占总数的62%和12%。 2.所有6对癌组织vs癌旁正常组织中，差异表达的mRNA和lncRNA分别为1716个和311个，其中上调的mRNA为568个，下调的mRNA为1148个，上调lncRNA为125个，下调的lncRNA为186个；在第一组中，差异表达的mRNA和lncRNA分别为903个和153个，其中上调的mRNA为296个，下调的mRNA为607个，上调lncRNA为56个，下调的lncRNA为97个；在第二组中，差异表达的mRNA和lncRNA分别为566个和126个，其中上调的mRNA为174个，下调的mRNA为392个，上调lncRNA为37个，下调的lncRNA为89个。 3.差异表达的mRNA主要与细胞粘附，胶原蛋白粘附，细胞分化，细胞外基质组织形成的GO功能有关；差异表达的mRNA主要富集在ECM受体相互作用，氨基酸降解，脂肪酸代谢，药物代谢和细胞粘附模块等通路。 4.在所有差异表达的 lncRNA中筛选出10个候选 lncRNA，分别是上调：RP11-1L12.3（BBOX1-AS1）、MIR503HG、RP11-93B14.5(SLCO4A1-AS1)、MAFG-AS1、MIR4435-1HG；下调：AC066593.1(DPP10-AS1)、SATB2-AS1、CTB-118N6.3(SEMA6A-AS1)、 RP11-48O20.4(LINC01133)、 LINC00261。qRT-PCR显示 BBOX1-AS1、MIR503HG、SLCO4A1-AS1、MAFG-AS1、MIR4435-1HG显著高于配对的癌旁正常组织(P﹤0.05）， DPP10-AS1、SATB2-AS1、SEMA6A-AS1、LINC01133、LINC00261显著低于配对的癌旁正常组织（P﹤0.05），与测序结果一致。 5. SLCO4A1-AS1在晚期结直肠癌高表达，MIR503HG在年龄大于60岁的结直肠癌患者中高表达，LINC00261在直肠癌中低表达。 6.从940905个候选基因对中筛选出1448个共表达的lncRNA-mRNA基因对，其中共表达的mRNA735个，lncRNA204个；共表达的mRNA富集在16个GO生物学过程和9个KEGG通路，在KEGG通路中发现一个重要的肿瘤通路：PI3K-AKT信号通路，并对PI3K-AKT通路进行了共表达的lncRNA-mRNA基因对的映射分析。 结论： 1. lncRNA的PCR验证结果与转录组测序结果一致，表明转录组测序结果的可靠性； 2. BBOX1-AS1、MIR503HG、SLCO4A1-AS1、MAFG-AS1、MIR4435-1HG在结直肠癌中表达显著上调，DPP10-AS1、SATB2-AS1、SEMA6A-AS1、LINC01133、LINC00261在结直肠癌中表达显著下调，其表达水平可能与结直肠癌的发生有一定的关系； 3. SLCO4A1-AS1在晚期结直肠癌高表达，MIR503HG在年龄大于60岁的结直肠癌患者中高表达，LINC00261在直肠癌中低表达。 4. lncRNA可能参与到PI3K-AKT信号通路基因的共调控。