随着中国改革开放的不断深入,城镇化和工业化步伐加快,经济社会迅速崛起,人们在共享经济发展成果的同时也面临着自然灾害、社会安全事件以及公共水污染问题等诸多不安全因素。特别是跨区域的公共水污染问题已经开始逐渐凸显出来,不论是经济实力强的地区还是经济落后的地区,只要是上级政府下达的联合地方政府合作治污命令,各地方和相邻地区就会“积极”的执行,在这种情况下,治污资金和技术都不成问题,但是治理的效果还是不显著。这说明存在着阻碍地方政府间合作的方面,这不是资金的问题,也不是技术的问题,更不是政策的问题,背后更深层次的问题是制度缺失、体制僵化和缺乏有效的协调机制。因此,如何解决跨区域的水污染中地方政府合作的障碍是各级地方政府必须面对的重要挑战。由于我国传统行政地域上的分割限制,地方政府间的合作治理面临着整体性和属地性的矛盾。前者是针对于水环境的整体性,水污染不受省、市、县的地域限制,治理过程是一个不可分割的整体;后者是受行政地域的影响,各地方政府“分而治之”。这两个矛盾就会导致跨区域的水污染治理效果的非理性,最终影响了整个区域水污染治理的价值和效用。因此,各地方政府在跨区域的水污染治理中要抛弃“分而治之”传统观念,走向寻求多层次的伙伴合作新路子。本文以治理理论、外部性理论、行为博弈理论和可持续发展理论等为基础,指出当前我国跨区域水污染治理地方政府合作存在的障碍,包括制度、体制和监督方面的障碍,同时对形成的原因进行了分析,然后从制度创新、体制改革以及有效协调机制方面入手,探索解决跨区域水污染治理地方政府合作障碍的行为,为我国在处理跨区域水污染事件中加强地方政府间的合作方面提供有意的参考和理论支撑。