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河豚，学名河鲀，属硬骨鱼纲，鲀形目，鲀亚目，鲀科，是暖水性海洋底栖鱼类。河豚鱼含有剧毒物质河豚鱼毒素，常因误食或混入加工水产品而发生中毒事件。DNA分子标记技术包括PCR技术与DNA测序技术是通过对物种特异性基因的扩增与序列分析，将目标生物与其他物种区分开，该技术具有特异性强、灵敏度高、简便快捷等特点，从分子水平上进行生物成分与物种的鉴定。本研究将DNA的PCR扩增与序列分析技术应用于河豚鱼成分与物种的鉴定，为水产品中混入对人类有毒有害物质河豚鱼的快速鉴别提供科学依据。本文收集了11种河豚鱼样品，采用四种常用的动物DNA提取方法，通过测定DNA浓度与纯度、DNA琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增等方法，对四种DNA提取方法进行比较。结果说明线粒体DNA改良法的提取效果较好，该方法所提取的DNA均能满足后续实验的要求。参照GenBank公布的克氏兔头鲀（Lagocephalus gloveri）和怀氏兔头鲀（Lagocephalus wheeleri）线粒体细胞色素b基因序列，使用软件Primer Premier5.00版进行引物设计，共合成了7对引物，经过筛选实验，确定了只有引物HT-1可以在所有的供试样品中检出相应的目的条带。将PCR扩增体系确定为5μL5×PCR缓冲液，2.5μL25mmol/L MgCl2，1U TaqDNA聚合酶，200μmol/L dNTPs，引物0.5μmol/L，DNA模板300ng，反应总体积25μL。扩增程序定为在94℃时预变性5min，94℃下变性30s，62.5℃下退火30s，72℃下延伸30s，40个循环，72℃下延伸5min，在4℃进行保存。确定了河豚鱼成分的PCR检测方法，即从样品中提取DNA后按扩增体系和程序进行PCR扩增，扩增产物经过琼脂糖凝胶电泳后，通过观察是否有目的条带产生来作为判断样品中是否含有河豚鱼成分的依据，从而达到检测的目的。实验结果表明，该检测方法的检出限可以达到0.1%。我国主要的三个属的河豚（暗鳍腹刺鲀（G.loveri）、兔头鲀（L.lagocephalus）和横纹东方鲀（T.oblongus））的样品在0.1%水平上的检出率分别达到100%、97.5%和100%。对未知物种的河豚鱼鲜肉和河豚鱼干，在0.1%水平上的检出率均能达到100%。二重PCR技术不仅能验证单重PCR的检测结果，还能有效避免假阳性的出现，有效地提高检测的准确性。因此在此基础上进行引物HT-1与引物FISH的二重PCR扩增实验。在初步设定的PCR扩增体系与扩增程序的基础上，对两对引物的浓度比例和退火温度进行了优化实验，确定二重PCR的扩增体系为：5μL5×PCR缓冲液，MgCl22mmol/L，TaqDNA聚合酶3U，dNTPs200μmol/L，引物终浓度0.4μmol/L，DNA模板400ng，反应总体积25μL。扩增程序定为在94℃时预变性5min，94℃下变性30s，59℃下退火30s，72℃下延伸30s，40个循环，72℃下延伸5min，在4℃时进行保存。此外，本文还对供试的河豚样品的PCR产物进行了测序，并对序列进行比对分析。11个样品的PCR产物序列经DNAMAN软件的同源性比对分析，获得同源系数矩阵与同源树，把11个样品序列划分为3组，各组内样品间同源率均为100%，第一组与第二组之间的同源率为89%，两组整体与第三组之间的同源率为85%。应用同源率分析推测探讨了2个未知种属名称的河豚鱼样品所属的可能分类单位（属）。