猪12号染色体上10个新基因的分离、定位及其与部分性状的关联分析

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本论文根据比较基因定位信息,并结合公共数据库中的EST资源,分离、定位猪12号染色体上的新基因,并对基因与部分性状进行了初步关联分析,取得了如下结果: 1.以人的17号染色体上的同源基因的cDNA为探针,从GeneBank中搜索猪的同源EST,由EST构成的连接群(contig)设计引物,从湖北白猪基因组中分离克隆了10个基因片段。这10个基因分别为:磷脂酶D2基因(PLD2)、生长因子受体结合蛋白7基因(GRB7)、颗粒蛋白基因(GRN)、Ⅰ型胶原蛋白α1亚基基因(COL1A1)、磷酸甘露糖长醇利用缺陷型基因(MPDU1)、微管蛋白特异的伴侣蛋白基因(TBCD)、组蛋白乙酰转移酶基因(GCN5L2)、MAC30蛋白基因(MAC30)、Tax模体作用蛋白1基因(TIP-1)、KIAA1582蛋白(KIAA1582)基因。 2.采用电脑克隆策略结合RACE技术,获得了MPDU1和GRN基因的全长cDNA,推导出了相应的氨基酸序列。将推导出的氨基酸序列与其它物种的对应序列进行同源性比较,发现猪的MPDU1氨基酸序列与人的该氨基酸序列同源性达91%,猪的GRN氨基酸序列与人的同源性达70%。 3.采用半定量RT-PCR方法检测了MPDU1基因和GRN基因在通城猪的肾脏、心脏、肺、脾脏和肝脏等5个组织中的表达情况,结果表明MPDU1基因在所检测的组织中广泛表达,且表达量无显著性差异,而GRN基因在不同组织中表达量不同,脾脏中表达量最高,而心脏中的表达水平最低。 4.用猪×啮齿类体细胞杂种板将新分离的8个基因进行染色体区域定位,定位结果如下:PLD2基因被定位于SSC12q11-q15(P=0.9862),与该区域标记间的相关系数为1(Cor=1);GRB7基因被定位于SSC12 p11-(2/3 p13),P=0.8901,Cor=1;COL1A1基因被定位于SSC12 p11-(2/3 p13),P=0.8901,Cor=1;MPDU1基因被定位于SSC12q11-q15,P=0.9862,Cor=1;TBCD基因被定位于SSC12p11-(2/3 p13),P=0.4701,Cor=0.9177或12q11-q15,P=0.4701,Cor=0.9117;MAC30基因被定位于SSC12q11-q15,P=0.9862,Cor=1;TIP-1基因被定位于SSC12q11-q15,P=0.9862,Cor=1;KIAA1582基因被定位于12p11-(2/3 p13),P=0.8901,Cor=1。 5.用猪×仓鼠辐射杂种板将新分离的9个基因进行染色体精细定位,表明这些基因均与猪12号染色体上的基因或标记紧密连锁。具体定位结果如下:PLD2基因与Swc23猪12号染色体上10个新基因的分商、定位及其与部分性状的关联分析紧密连锁,LOD=6.11;分万尸基因与及记习J紧密连锁,LOD二15.25;份私/基因与介石万7紧密连锁,LOD二8.81;‘况劲了基因与及叮J夕口紧密连锁,LOD二21.28;留即基因与万心荃夕O紧密连锁,LOD=4.96;义)朽乙2基因与万帕璧J紧密连锁,LOD二10.03;蒯c3口基因与介‘23紧密连锁,LOD二巧.58;几甲可基因与万冲了刃占紧密连锁,LOD二10.95消大去心了压貂基因与及松洲夕乎紧密连锁,LOD=9.47。 6.采用PCR一RFLP方法检测了分咨7、酬脚{‘优IAI、树叨艺口、蒯c3o、了丫尸一了等6个基因9个位点的多态性和PL刃基因第21内含子万石飞万序列的插入、缺失造成的PCR产物长度多态性,分析了不同猪品种中的基因型频率和基因频率,以及各等位基因在不同猪品种中的分布差异。 7.在长白占X(大白X通城)早和大白占X(长白X通城)早的上下代个体中,分析了PL刃、命公7、以动v、‘况俐了匆77尸一了基因上述多态位点的遗传方式,结果表明均呈共显性遗传方式。 8.以本室与通城县畜牧局种畜场合作所建立的试验群体(含长白猪22头、通城猪58头、大白猪23头、长大通23头、大长通21头)为材料,分析了前述7基因的DNA多态位点与部分生产性状和免疫性状的关联,结果发现①G尺B7基因第163位点不同基因型个体在屠宰率困P)、红细胞数(RBC)上差异显著(P<0.05),CC基因型的个体与TT基因型的个体的20周龄时血清中IgG的含量(I gG)差异极显著(P<0.01);在243位点,不同基因型的个体之间肌肉pH值(MPH)、红细胞数(RBC)、红细胞压积(HCT)差异显著(P<0.05);②G尺厅基因不同基因型的个体之间剪切力(Shear foree)、眼肌面积(LMA)、板油率差异显著(P<0.05);③COLIA了基因第170位点GG基因型个体与AA、AG基因型个体之间红细胞分布宽度(RDw)差异显著(P二0.0146);④MAc30基因AG基因型个体与AA基因型个体之间第6、7肋间背膘厚(6一7BF)及三点平均背膘厚(ABF)差异极显著(P<0.01);⑤7了P一了基因282位点TG基因型个体与TT基因型个体屠宰率(DP%)差异显著(P=0.0404),腿臀比率(Ham)差异极显著(P=0.0087)。
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