由于生态环境保护和区域生态安全的紧迫需要以及经济社会可持续发展公平原则的要求，我国亟待建立生态补偿机制。合理的生态补偿机制可从横向上维护同代人之间的发展公平，并兼顾到代际公平，体现可持续发展的战略要求。生态补偿可消除经济外部性对资源配置的扭曲影响，是环境—经济一体化的内在要求和实现机制，也是博弈分析的集体理性选择，可为生态环境管理规范化、市场化提供制度保障。 本文绪论部分阐明了选题背景和开展生态补偿的意义，并就生态补偿在法律、法规、政策和市场手段等方面的研究和实践作了回顾，简单介绍了国外的相关经验。在归纳总结可持续发展量度研究进展，为生态补偿关键问题中的补偿标准提供理论基础上，明确本文的研究思路和研究重点。 本文第一部分是作者就生态补偿的基础理论和方法进行的研究。对生态补偿的定义、含义、基础理论和基本原则以及生态补偿的三个关键问题作了详细论述，系统构建了生态补偿的理论和方法。生态补偿定义指明生态补偿的最终目的是为了实现可持续发展，其出发点是环境公平，包括了空间和时间两个维度的环境公平，生态补偿必须体现这两个维度的补偿。此外，还从生态保护、资源使用、污染环境和生态破坏三方面全面考虑，进一步完善国内学者给出的生态补偿定义。在谁补偿谁的问题上，从生态保护、资源使用和环境污染与生态破坏三方面讨论了补偿的主体和客体，并以水权交易为例简单探讨了产权界定。在补偿多少的问题上，本文选用生态足迹作为价值评估依据，详细介绍了生态足迹的相关概念、评估程序和计算模式，并引入综合生态足迹和空间生态足迹应用于具体地区的评价和预测，拓展了生态足迹的研究尺度和预测功能，用生态效率这一环境胁迫指标作为补偿标准以明确补偿数额。在如何补偿的问题上，宏观地介绍补偿方式及补偿效果，在操作框架和技术上，讨论建立生态补偿机制和体系，提出主要的补偿手段和操作改革方向。 本文第二部分为作者以江苏省境内常熟东南开发区为例，在国内首次进行区域开发的生态补偿实例分析的初步研究。在扼要介绍了常熟东南开发区的总体规划、区域概况和开发活动对生态的影响的基础上，计算了开发区生态足迹现状，预测了开发区建成后的生态足迹，然后从三个关键方面作了开发区的生态补偿的探索研究。 常熟东南开发区在2003年的人均生态足迹为3.117hm2，人均可利用生态容量为0.8080hm2，人均生态赤字为2.309hm2。该开发区占用的人均生态足迹高于全球平均的人均生态容量2hm2/人，人均生态生产性土地的需求超过其供给能力2.85倍以上，表明该开发区的生态环境发展态势堪忧。 常熟东南开发区于2020年的人均生态足迹将为7.861hm2，人均可利用生态容量为0.132hm2，人均生态赤字为7.729hm2。开发区占用的人均生态足迹远高于全球平均的人均生态容量2hm2/人，人均生态生产性土地的需求超过其供给能力58.55倍以上，表明该开发区的生态环境发展态势严峻。 如果按生态效率的单倍补偿，总计应补偿为254.725亿元，其中耕地占用补偿33392.688万元，水域占用补偿501.4万元，其余为其它资源消费和环境污染的补偿费用。 本文第三部分为研究结论和围绕生态补偿的三个方面进行的讨论。 我国目前生态补偿的研究才刚起步，多停留在定义、框架、政策机制探讨、西部问题等宏观层面上，局限于点或线的探讨，还没有形成面或更立体的系统的架构和理论方法。本文旨在回顾现有生态补偿研究和实践的基础上，研究建立生态补偿机制的理论和方法体系，并以区域开发为例进行实例分析的初步研究。