本论文由两部分组成：利用Brn1基因的核苷酸序列进行突脐孢属种系统发育研究；利用核糖体内部转录间隔区（ITS）和大亚基（LSU）核苷酸序列对苹果煤污病与蝇粪病病原进行多样性分析。第一部分：突脐孢属（Exserohilum）真菌是一类很常见的半知菌。由于许多种都是禾本科植物和其他科植物的病原真菌，一些突脐孢属真菌能引起杂草的病害为潜在的微生物除草剂，因而受到植物病理学家和微生物学家的重视。突脐孢属种的分类和鉴定主要依靠分生孢子的形态学。由于分生孢子的形态随分离物或环境条件的变化有较大的变异，因而给种的划分和鉴定带来很大困难。本研究利用分子性状Brn1基因序列对一些突脐孢属种进行系统发育分析。目的在于从遗传本质上明确突脐孢属种的界限及亲缘关系，为突脐孢属种的分类和鉴定奠定基础，提供快速、准确的鉴定手段。研究结果显示：1.利用Brn1基因（1,3,8-三羟基萘还原酶基因）核苷酸序列对突脐孢属（Exserhohilum）系统发育研究。序列比较表明：在种内各菌株间没有核苷酸序列长度变化，存在核苷酸序列简单代换；在种间核苷酸序列长度有变化，核苷酸的缺失或插入发生在内含子区；所有菌株编码区核苷酸序列长度相同；在种内水平氨基酸序列没有差别，显示出高度的保守性。利用最大简约法（Maximum Parsimony）和邻近结合法（Neighbor-joining）构建系统发育树，不同种可以被明确区分。这些结果表明Brn1基因适合突脐孢属种级水平的分子系统学研究。Brn1基因核苷酸序列可以作为该属系统演化研究的一个新的分子性状。2.利用Brn1基因对突脐孢属及其相似属离蠕孢（Bipolaris）和弯孢属（Curvularia）种进行了研究，研究结果表明，Brn1基因可以将不同属的菌种明显地划分开。系统发育研究显示利用形态学特征难于归属的白羊草弯孢（Curvularia. heteropogonicola）应该归属于弯孢属。本研究显示Brn1基因可以作为蠕形真菌属级分类的分子性状。第二部分：苹果煤污和蝇粪病（Sooty blotch and flyspeck，简称SBFS）是由寄生于苹果角质层的一类复合真菌引起。它们严重影响果实外观，甚至使果面褪色，降低苹果的商品价值。由于该类病原菌分离困难，在自然条件及培养条件下都很难产生孢子，所以利用传统形态学的方法无法进行准确的鉴定和归属。本研究借助现代分子生物学手段，利用ITS及LSU的核苷酸序列分析研究了陕西苹果煤污病和蝇粪病的病原多样性。研究发现：陕西省苹果煤污病和蝇粪病病原种类复杂、具有高度多样性，至少有16种；这些种遗传关系较远，分别归属于座囊菌纲（Dothidiomycetes）和Chaetothyriomycetes，其中1个种归属于Chaetothyriomycetes的Leptodontium属,其它15个种属于座囊菌纲（Dothidiomycetes）的座囊菌目（Dothideales）（无性态）的10个不同属，其中Pseudocercosporella属2种、Peltaster属1种、Zygophiala属2种、Xenostigmina属2种、Mycovelosiella属2种、Pseudocercospora属1种、Dissoconium属2个种，<WP=6>另有3个为未定名种；在16个种中，仅有2种与国外已知种类相同，其它14种均不相同，显示出苹果煤污病和蝇粪病病原种类在地域间的高度差异。