逆转录病毒是一类感染宿主细胞,并整合到宿主基因组中的正链RNA病毒,其中已发现的数量最多的一类是gamma逆转录病毒。gamma逆转录病毒可以感染一大类脊椎动物,特别是哺乳动物,目前为止,已发现被感染的哺乳动物包括猫、猪、小鼠、考拉、灵长类动物等。它们还会引发包括白血病、免疫系统疾病以及神经性疾病等多种疾病,因此,是一类广受关注的病毒。然而,虽然gamma逆转录病毒数量众多,但作为哺乳动物中第二大类的翼手目却没有发现过类似病毒,此外,海洋哺乳动物的逆转录病毒的研究也相对匮乏,并且逆转录病毒的起源问题一直没有解决。针对以上问题,我们开展了对翼手目和鲸目逆转录病毒的探索和研究。本研究中,我们通过从头测序的方式测出马铁菊头蝠（Rhino lophus ferrumequinum）脑全转录组序列,经过聚合酶链式反应（PCR扩增）技术以及末端快速克隆技术（RACE技术）的补充,得到了马铁菊头蝠的一个完整的未知gamma逆转录病毒（RfRV）序列。结构分析显示,RfRV具有gamma逆转录病毒的基本特征,但存在提前终止密码子,是一个有缺陷的逆转录病毒。此后,我们又在其它6种蝙蝠物种中的得到了与RfRV类似的gamma逆转录病毒部分pol基因片段。进化分析显示,所有这些蝙蝠中得到的gamma逆转录病毒（BGR）在树形上均处于其它哺乳动物同类病毒的根部,说明它们是这些已知的逆转录病毒的祖先。此外,BGR及其宿主各自独立建树的结果显示,蝙蝠中的这些逆转录病毒既存在跨物种传播现象,也存在协同进化现象。根据以上结果推测,gamma逆转录病毒很可能起源于蝙蝠。为了弥补在海洋生物中gamma逆转录病毒研究的局限性,我们又尝试在鲸目探寻gamma逆转录病毒的状况。具体方式是,首先在宽吻海豚中通过基因组搜索的方式发现了另一个未知逆转录病毒（TTEV）。该病毒具备gamma逆转录病毒的基本结构,但其在序列上与其它已知gamma逆转录病毒相比,变化很大,根据分子钟预测其插入宽吻海豚的时间大约为10-1MYA,而之前的学者在虎鲸中发现的gamma逆转录病毒（KWERV）预测出的插入时间约为3-5MYA,比TTEV晚了相当长一段时间,说明鲸目动物中至少存在两次gamma逆转录病毒的感染。此外,我们利用PCR技术在其它9种鲸目动物中发现了与TTEV类似的病毒,进化分析显示,这9种逆转录病毒与现存同类病毒（包括KWERV）相比,同样具有较大的序列差异,是一个非常古老的逆转录病毒。