长期以来,人们对于环境污染问题认识程度整体不高,加之经济能力有限,工业点源污染在许多年里一直都被当作污染防治的主要对象。很多国家采用大量的措施对工业点源污染进行治理并取得了良好的效果。但随着时代的变化,单纯的控制点源污染已经不能从根本上消除我国日益严峻的污染局面。伴随着经济的快速发展和人口的增长,出现了大量的面源污染,其不但污染范围广而且会不断地深入到各类环境载体中,造成大范围的环境污染。有研究表明,现今面源污染所造成的环境恶化问题日益严重,其中农业面源污染所占比例最大。农业面源污染“面”的特征决定其治理方式区别于传统的工业点源污染,也决定其防控难度更大,健全我国农业面源污染的法律防控机制具有紧迫性。科学发展观的提出为农业面源污染法律防控机制的完善提供了科学依据。我国农业面源污染防控法律机制的完善要始终以发展为第一要务,坚持“以人为本”的价值取向,要以全面协调可持续为最终目标,要以统筹兼顾为根本方法。本文在对农业面源污染现状的分析基础之上,以科学发展观为指导,对我国农业面源污染法律防控机制创新进行了细致地分析。由于我国东西部地区在气候、自然环境、经济发展状况等方面都存在差异,农业面源污染状况也有所不同。所以,文章首先选取甘肃与浙江的两个地区,对其农业面源污染的现状展开具体的调查与分析,寻找我国在农业面源污染防治中存在的问题,分析农业面源污染的成因。其次对涉及农业面源污染相关的法律条文进行梳理,发现其立法中存在的问题,将绿色发展理念引入其中,更好的完善农业面源污染的法律防控机制。最后在梳理科学发展观的基本内涵和重要意义的基础上,分析科学发展观与我国农业面源污染防控机制的内在契合以及科学发展观对我国农业面源污染防控机制的内在要求。并在科学发展观的指导下,寻求完善我国农业面源污染法律防控机制的对策和路径。走农业绿色发展道路,坚持以农民为本,以保护他们的环境利益为出发点和落脚点,提高其生态意识,全面协调可持续发展,构建长效防控机制,统筹城乡,实现城乡环境保护一体化发展。