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卢氏鸡是我国唯一片羽型的可产绿壳蛋的地方鸡种，壳色有绿壳和褐壳两种颜色。自然状态下约有2～3%的个体产绿壳蛋。由于决定绿壳蛋鸡壳色的Oocyan（O）基因座位位于鸡一号染色体上，所以本研究从鸡1号染色体上筛选出与Oocyan基因座位紧密连锁的两个标记位点：微卫星AY493302位点和内源病毒因子EV1位点。通过采集150只卢氏绿壳蛋鸡，50只卢氏褐壳蛋鸡及18只白壳地方蛋鸡的血液，提取基因组DNA，进行PCR扩增，分析探讨了这三种壳色的基因型差异，进一步分析了三种壳色的基因型与卢氏鸡的蛋壳颜色相关性，为今后进行禽类绿壳性状的分子标记辅助选择提供理论依据与技术支持。研究结果如下：1.微卫星AY493302在卢氏绿壳蛋鸡、褐壳蛋鸡以及白壳地方蛋鸡之间基因型分布差异极显著，基因型AA（225bp/225bp）在卢氏鸡中的频率为0.3969，且只在卢氏绿壳蛋鸡中出现。通过测序发现：卢氏绿壳蛋鸡AA基因型在19bp处碱基和217bp处碱基均为G；但卢氏绿壳蛋鸡AB基因型在19bp处碱基却为C，在217bp处碱基为G。卢氏褐壳蛋鸡AB基因型和白壳地方蛋鸡的AB基因型则表现为在19bp处碱基为C，217bp处碱基为T。绿壳蛋鸡AA基因型测序后得到的序列与NCBI数据库进行同源序列比对，达99%同源的序列有V00425.1、J02015.1和NW003763484.1，均位于鸡的1号染色体上。2. EV1标记在卢氏绿壳蛋鸡、褐壳蛋鸡以及白壳地方蛋鸡基因型分布差异极显著，基因型AA（251bp/251bp）在卢氏鸡中的频率为0.4348，且只在卢氏绿壳蛋鸡中出现。通过测序发现：卢氏绿壳蛋鸡AA基因型在52bp处碱基为T，54bp处碱基为T，129bp处碱基为A；卢氏绿壳蛋鸡AB基因型在52bp处碱基为T，54bp处碱基为T，129bp处碱基却为T。卢氏褐壳蛋鸡AB基因型和白壳地方蛋鸡AB基因型在52bp处碱基为G，54bp处碱基为G，129bp处碱基为T。将绿壳蛋鸡AA基因型测序后得到的序列与NCBI数据库进行同源序列比对，结果表明：同源性最高达到89%，为序列NW003763686.1，位于鸡的2号染色体上。3.卢氏绿壳蛋鸡、褐壳蛋鸡和白壳地方蛋鸡群体在微卫星标记AY493302位点和EV1标记位点的多态信息含量值分别为0.3325、0.3750、0.3750和0.3233、0.3750、0.3750，都属于中度多态性位点。其基因座位杂合度值分别为0.4212、0.5000、0.5000和0.4055、0.5000、0.5000，表明卢氏绿壳蛋鸡、褐壳蛋鸡和白壳地方蛋鸡均存在一定的遗传多样性。4.卢氏绿壳蛋鸡、褐壳蛋鸡和白壳地方蛋鸡群体在微卫星标记AY493302位点和EV1标记位点经卡方检验，结果表明均偏离Hardy-weinberg平衡定律。微卫星AY493302位点和EV1标记位点上的不同基因型与绿壳基因位点的基因型之间经卡方检验，结果表明存在显著相关。