研究目的:对海南省部分地区野生鼠类样本携带的致病性及潜在致病性病毒进行基因组分析,为防控以鼠源性新发致病性疾病的流行提供数据支撑。研究方法:本课题基于本实验前期对海南省部分地区野生鼠类样本病毒宏基因组高通量测序及生物信息学分析的结果,从中筛选出可能导致人类和动物致病鼠源性细小病毒(parvovirus,ParV)、多瘤病毒(polyomavirus,PyV)及Gemycircularvivus(GemyCV)的reads,分别对三种病毒通过PCR技术进行全基因组扩增、序列拼接、基因组遗传进化分析,初步建立了巢式PCR(Nested PCR)检测鼠源性ParV和PyV方法。研究结果:(1)海南鼠源性ParV的基因组分析基于前期对海南临高地区捕获的野生鼠咽拭子样本病毒宏基因组高通量测序及生物信息学的结果分析,发现了1603条reads与啮齿类动物ParV具有同源性(80%-94%),疑似ParV(ParV/LG株)。应用PCR技术进行全基因组扩增、基因全长拼接等方法,获得ParV/LG株的全基因组序列。基因组全长为4691 bp,编码非结构蛋白(NS1)和衣壳蛋白1(VP1),分别编码721 aa及583 aa。在NS1序列(448-GPASTGKS-455)中发现ATP或GTP结合的Walker环基序(GXXXXGK[T/S]),NS1和VP1的GC含量分别为54.57%和45.43%。基于NS1和VP1氨基酸序列构建的进化树分析显示,Parv/LG株与Kilham rat virus株(KRV)(AF321230.1)亲缘关系最密切,同源性分别为91%和97%,该病毒基因组已上传至GenBank,序列号为MK530648.1,命名为parvovirus Ro/Lingo/China。初步建立了基于该病毒VP1基因的Nested PCR检测方法。(2)海南鼠源性PyV的基因组分析基于前期对海南海口地区捕获的野生褐家鼠咽拭子样本病毒宏基因组高通量测序及生物信息学的结果分析,发现了114条reads与啮齿类动物PyV具有同源性(93%-97%),疑似PyV(PyV/HK株)。应用PCR技术进行全基因组扩增、基因全长拼接等方法,获得PyV/HK株的全基因组序列。基因组全长为5318 bp,编码早期基因和晚期基因,早期基因编码大T抗原(LTAg)、中间T抗原(MTAg)和小T抗原((STAg),晚期基因编码主要衣壳蛋白1(VP1)、衣壳蛋白2(VP2)和衣壳蛋白3(VP3),LTAg,MTAg,STAg,VP1,VP2和VP3分别编码776 aa,414aa,194 aa,384 aa,347 aa和228 aa。基于LTAg氨基酸序列构建的进化树分析显示,PyV/HK株与Rattus norvegicus polyomavirus 1(RnorPyV1)株(KR075945.1)的亲缘关系最密切,LTAg,MTAg和VP1氨基酸的同源性分别为99%,99%和99%,该病毒基因组已上传至GenBank,序列号为MK372231.1,命名为polyomavirus sp RN/Haikou/China。初步建立了基于该病毒的VP1基因的Nested PCR检测方法。(3)海南鼠源性GemyCV的基因组分析基于前期对海南海口褐家鼠咽拭子样本病毒宏基因组高通量测序及生物信息学分析的结果,发现了298条reads与GemyCV具有同源性(81%-97%),疑似GemyCV(GemyCV/HK株)。应用PCR技术进行全基因组扩增、基因全长拼接等方法,获得GemyCV/HK株的全基因序列。基因组全长为2199 bp,编码衣壳蛋白(Cap)、主要复制蛋白(Rep 1)和次要复制蛋白(Rep 2),分别编码322aa、194aa和112aa。GemyCV/HK株基因间区域(Iterons)(127-nt)含有一个具有九聚体[TAAAATTTA]的非典型茎环结构,Rep 1和Rep 2之间具有独特的内含子(Intron)。基于Cap和Rep氨基酸序列构建的进化树分析显示,GemyCV/HK株与gemycircularvirus SL1(GemyCV-SL1)株(KP133075.1)亲缘关系最密切,氨基酸的同源性分别是97%和99%,该病毒基因组已上传至GenBank,序列号为MK293717.1,命名为gemycircularvirus RN/Haikou/China。结论:(1)获得了ParV/LG株的全基因序列,遗传进化分析表明,ParV/LG株与可引起大鼠致病的KRV株亲缘关系最密切,表明海南临高地区鼠类携带ParV。初步建立了基于ParV/LG株VP1基因的Nested PCR检测方法。(2)获得了PyV/HK株的全基因序列,遗传进化分析表明,PyV/HK株与RnorPyV1株的亲缘关系最密切,表明海南海口地区鼠类携带PyV。初步建立了基于PyV/HK株VP1基因的Nested PCR检测方法。(3)获得了GemyCV/HK株的全基因序列,遗传进化分析表明,GemyCV/HK株与GemyCV-SL1株的亲缘关系最密切,表明海南海口地区鼠类携带GemyCV。