随着我国高等教育的迅猛发展，在相当长的一段时间内，我国高等教育大众化进程还会向纵深发展，大学规模和校园的扩张仍然难以避免。多校区大学已经成为我国当代大学发展的一个趋势。多校区大学发展的现实迫切需要高等教育管理理论的指导和应答。从我国高等教育管理来看，多校区大学的管理无疑是一个新课题，实践探索时间短，没有成熟的模式可资借鉴。我们必须分析多校区大学办学面临的具体问题，在理论上进行研究探索。要根据多校区的散(校区分散)、全(学科齐全)、杂(情况复杂)、大(规模巨大)的特点，以及各校区的实际情况，在充分分析多校区大学外部环境和内部条件的基础上，凝练宏观管理思路，明确各校区的功能定位，确定多校区大学合理的管理模式，构建多校区大学科学的管理体制和运行机制。使多校区协调、平稳和可持续发展。 对多校区大学进行管理时应重点突出“三化”的理念——学科综合化、管理多样化、校园数字化。高校内部的组织形式应由现行的锥形结构向扁平化发展。院系所等教学、科研机构要进行重大改组，克服院系所重复设置，口径过窄，组织教学、科研职能和行政管理职能混淆等弊端。建立以学院为办学实体，实行校、院、系三级建制，校、院两级管理的新模式。校院二级管理不同于高校传统管理，根本目的是要解决高校发展的动力机制问题。它的核心就是降低管理重心，下放管理权力，调整管理跨度，规范管理行为，真正建立起学校宏观调控、学院自主办学的高校运行机制，促进学科的整合和发展，激发各级组织的活力，切实提高办学效益。从学校宏观调控的角度，应该推行目标管理模式，完善监督约束机制；从学院自主办学的角度，必须构建民主管理体制。