在新科技革命的时代背景下,创新是一个国家、民族向前发展的重要动力,知识在经济社会中的作用日益突显,而把知识转化为生产力并赋予其价值的便是企业,工业的迅速崛起为我国的现代化建设提供了必要的物质基础和保障,工业企业的科技创新效率研究就及其重要。国家经济的重要构成之一区域经济,是国家发展的重要因素。而区域科技创新与区域经济紧密联系,因此提高全国各地区的科技创新能力是提高国家创新水平的关键点。所以,对全国各地区工业企业科技创新效率进行研究分析十分必要,本文选取2006-2015年全国各省份(除港澳台及西藏地区)的工业企业科技创新数据,使用两阶段网络DEA交叉效率模型,实证研究了各地区工业企业的科技创新效率。数据包络分析(DEA,Data Envelopment Analysis)在进行多指标效率评价时具有一定优势,但传统的DEA模型把系统看做是一个“黑箱”,忽视了系统的内部过程,不能够全面把控系统的内部信息;且不能进一步分辨效率值为1的有效决策单元。为此本文构建了打破黑箱的两阶段网络DEA交叉效率模型,解决了上述问题。通过阅读大量文献,本文把两阶段网络DEA交叉效率模型应用到了工业企业的科技创新效率评价上,把科技创新过程分为科技研发过程和成果转化过程两个阶段,构建了工业企业科技创新过程的研究框架,确定了投入、产出、中间投入及产出指标体系,并使用本文构建的资源共享型的两阶段交叉效率模型对各地区工业企业的科技创新效率进行实证研究,得出以下结论:(1)通过计算各省份的科技创新效率值计算,本文提出的资源共享的两阶段网络DEA交叉效率模型更加适用于创新效率的评价,且排名更加客观。(2)通过计算分析,发现我国工业企业的科技创新水平及其不平衡,西部和中部地区的科技创新水平明显落后于东部地区。(3)通过对子阶段效率的测算,全国大部分省份科技创新的第一阶段效率高于第二阶段效率,即科技研发效率高于成果转化水平。最后通过实证研究结果,提出促进工业企业科技创新的对策建议。