近些年国家对高等教育的投入越来越多,使得我国高校规模也不断扩大,入学的人数也在每年增长。因此高校的项目数量也在日益增长,以此来保证教学质量。但随着高校项目数量的增多,可能暴露出管理制度不完善、风险控制不全面、后期监督工作不规范等问题,而合同管理工作贯穿高校项目始终,只有科学有序开展合同管理活动才能保证高校项目及时准确的完成既定目标。保障高校项目质量最重要的就是完善合同管理,建立良好的合同管理内部控制体系才能达到高校项目的既定目标,加强高校的基础建设,提升高校的教育水平。本文通过整理分析国内外学者对合同管理与内部控制方面文献的研究,阐释了内部控制的理论基础和合同管理的历史现状。接着,通过与高校项目对应的合同管理各个流程,分析解释了高校项目合同管理内部控制关键环节和主要风险点。然后根据行政事业单位内部控制报告分析得出了我国高校目前可能出现的问题,根据现状解释了这些问题的原因。本文以X高校新校区的建设为具体案例,根据当时X高校的跟踪审计,从COSO框架五要素出发,提出了X大学项目合同管理内部控制五个方面存在的问题;针对X高校以及我国高校在项目合同管理内部控制可能存在的问题,分析出规范项目合同管理流程、明确项目合同内部控制目标等五项启示,呼吁我国高校加强建设内部控制良好环境,规范合同管理流程,促进高等教育蓬勃发展。本论文旨在指引高校建立项目合同管理内部控制体系,提高高等教育水平。