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马流感(Equine influenza，EI)是由马流感病毒引起的具有极高传染性的接触性急性呼吸道传染病，是对养马业和赛马业危害最为严重的传染病之一，世界动物卫生组织将其列为B类疫病。本研究运用RT-PCR和血清学方法对从广西4个市采集的马组织样品和马血清进行H3N8亚型马流感病毒检测，共检测马血清270份，H3N8亚型阳性3份，阳性率为1.1％；从104份马组织中检出1份阳性，阳性率为0.96％；经鸡胚接种分离到1株病毒，通过血清学和测序鉴定为H3N8亚型马流感病毒，命名为A/Equine/GuangXi/1/09(H3N8)。对广西株8个基因节段分别进行了扩增和序列测定，分析结果表明，广西马流感病毒A/Equine/GuangXi/1/09株HA基因1737bp，编码569个氨基酸，核苷酸同源性为77.7％～99.8％，氨基酸同源性为86.5％～99.6％； NA基因1419bp，编码470个氨基酸，核苷酸同源性为74.7％～99.5％，氨基酸同源性为80.4％～99.4％； NP基因1508bp，编码498个氨基酸，核苷酸同源性为84.7％～99.8％，氨基酸同源性为93.4％～99.6％；M基因1027bp，编码252个氨基酸，核苷酸同源性为88.6％～99.9％，氨基酸同源性为96.9％～100％； NS基因945bp，编码219个氨基酸，核苷酸同源性为69.4％～99.5％，氨基酸同源性为64.7％～99.5％； PA基因2209bp，编码716个氨基酸，核苷酸同源性为91.3％～99.6％，氨基酸同源性为94.4％～99.3％； PB1基因2312bp，编码757个氨基酸，核苷酸同源性为92.0％～99.7％，氨基酸同源性为97.1％～99.6％； PB2基因2312bp，编码759个氨基酸，核苷酸同源性为92.9％～99.3％，氨基酸同源性为97.1％～99.6％。广西马流感病毒分离株HA基因8个血凝素糖基化位点相对保守，未出现增加或者减少现象，核糖体结合位点亦非常保守，HA基因ORF全长1710bp，与国内外马流感分离株相比较，在第六位氨基酸后插入了FIFI四个氨基酸，与哈萨克斯坦在2007年分离到的毒株一致，通过系统进化树分析，广西A/Equine/GuangXi/1/09(H3N8)属于美洲谱系。