墨西哥湾扇贝微卫星标记的开发与遗传多样性分析

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本研究以墨西哥湾扇贝为研究对象,运用磁珠富集法筛选墨西哥湾扇贝微卫星分子标记,并利用微卫星标记对墨西哥湾扇贝的遗传多样性进行评价,本研究结果有助于了解墨西哥湾扇贝的遗传特征,为墨西哥湾扇贝种质资源改良提供相关的遗传背景资料和理论依据。实验结果如下:1.运用磁珠富集法开发了墨西哥湾扇贝20对微卫星引物。以生物素标记的(CA)16和(GA)16为探针来捕获微卫星序列,通过三引物法检测随机挑取的384个菌斑,共得到186个阳性克隆,其中103个含有微卫星序列。微卫星核心序列碱基重复次数为5-35。由测序得到的微卫星序列设计并获得了20对能够在墨西哥湾扇贝基因组有效扩增且具有多态性的微卫星引物,等位基因数为2-5,平均为3.5个;观测杂合度(HO)介于0.267-0.833之间,平均观测杂合度为0.466;期望杂合度(HE)的变化范围为0.269-0.650,平均期望杂合度为0.488;多态信息含量(PIC)在0.246-0.582之间。2.选取10对高度多态微卫星引物对墨西哥湾扇贝的遗传多样性和种群遗传结构进行了分析。统计分析等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)、平均多态信息含量(PIC)等遗传参数。结果显示平均等位基因数在2.8-4.4之间;平均多态信息含量(PIC)在0.346-0.553之间,其中北海对照系群体和防城港对照系群体为高度多态(PIC>0.5),其余群体为中度多态(0.25<PIC<0.5);墨西哥湾扇贝7个养殖群体间分化指数(Fst)为0.2458-0.4934,遗传距离为0.0041-0.3368,其中防城港选育系群体和钦州选育系群体遗传相似指数最大(0.9976),而遗传距离最近(0.0041),说明防城港选育系群体和钦州选育系群体间亲缘关系较近;钦州选育系群体和钦州对照系群体遗传相似指数最小(0.7140),而遗传距离最远(0.3368),说明钦州选育系群体和钦州对照系群体间的遗传变异度较高。基于遗传距离构建UPGMA聚类树表明,防城港选育系群体先与钦州选育系群体聚类,再与北海选育系群体聚类,再与防城港对照系群体聚类,再与北海对照系群体聚类,再与湛江对照系群体聚类,最后与钦州对照系群体聚类。本研究表明,墨西哥湾扇贝内部遗传变异处于中等程度,并有一定程度的分化趋势,这可能是基因型与环境互作的结果。
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