本世纪初，国际国内的许多知名公司频频爆出会计丑闻，给投资者造成了重大损失，严重打击了投资者对资本市场的信心。如此多的财务信息失真问题引起了社会公众的空前关注，理论界和实务界对其产生原因进行了广泛的讨论和研究。研究表明，大多数公司财务信息失真的原因，归根到底是由于其内部控制制度不健全，这恰恰说明了内部控制在保证财务报表可靠性上发挥着重要作用。在安然公司及随后多家知名公司爆出财务丑闻后，为挽回投资者对资本市场的信心，美国国会于2002年颁布了《S0X法案》，该法案使对“财务报告内部控制”的评价和审计成为关注的焦点，各国纷纷借鉴美国的做法，对各自的内部控制提出了要求。我国的财政部等部门在内部控制政策的制定与推行方面也作出了不懈努力，五部委于2008年6月发布了《企业内部控制基本规范》，连同2010年4月发布的正式的20项配套指引标志着适应我国企业实际情况、融合国际先进经验的中国企业内部控制规范体系基本建成，确立了企业内部控制有效性的评价和财务报告内部控制的注册会计师审计制度，由此推动我国企业内部控制体系贯彻实施步入了法制化、规范化发展的新阶段，同时也意味着我国的上市公司审计制度将进入一个全新的时代，企业接受财务报告内部控制审计已经势在必行。　　 财务报告内部控制审计作为一种新兴的审计业务，它的发展成熟必定也将同财务报表审计一样，需要经历一个不断提高的过程。我国于2010年4月发布的《企业内部控制审计指引》对注册会计师实施财务报告内部控制审计具有重要的指导意义，但注册会计师依据该指引实施财务报告内部控制审计还是会遇到许多问题。本文在借鉴《企业内部控制审计指引》和美国等国家在内部控制审计理论与实务方面的先进经验的基础上，对企业财务报告内部控制审计进行了研究，以期对注册会计师实施审计提供更明确的指导。　　 本文首先阐述了财务报告内部控制审计提出的背景与意义，并在此基础上比较了几个对财务报告内部控制审计比较重视的国家对这项制度安排的不同要求，进而分析了作出这些不同要求的原因及由此产生的结果。接着，本文对财务报告内部控制审计与财务报表审计整合的相关理论问题进行了分析，分析支持注册会计师将这两种审计整合进行，还阐明了注册会计师在实施整合审计中会面临的问题和解决这些问题的对策。随后，在融合上述分析结论与建议的基础上，本文分析了整合审计方法，接着从整合要点、整合审计的实施思路、整合审计的具体实施设计三个方面对整合审计的实施进行了分析，进而提出了风险导向的整合审计流程，对整合审计流程中的内容进行了具体设计。然后，本文对在整合审计中识别的内部控制缺陷的评价进行了研究，阐明了控制缺陷评价应考虑的因素和评价的方法及步骤。最后，本文对审计终结阶段的相关事项进行了分析，讨论了审计汇总工作和审计报告的相关事项。