纠纷现象的复杂性决定了纠纷解决手段的多元化。有些纠纷需要通过法定的诉讼程序、证据规则及辩论方法加以解决，但有些纠纷适用司法程序时不仅不能迅速合理地解决，反而可能激化矛盾。目前，我国行政诉讼司法实践中，撤诉成为主要结案方式之一，是其他纠纷解决方式与司法救济在纠纷解决中的力量和地位此消彼长的缩影。一般而言，司法以外的纠纷解决方式往往是从实用主义角度出发，有时为了达到纠纷解决的目的，甚至采用不合法的手段或方法，不遵守最起码的程序规则，这样的做法极易导致非理性的或者非正义的结果。比如，我国立法并没有关于行政诉讼和解的规定，但在最高人民法院的提倡和引导下，各地人民法院在审判实践中广泛开展了行政诉讼协调和解工作，最终是以当事人撤诉结案。这种在实践中被称为行政诉讼协调和解机制的撤诉存在着无法克服的法律缺陷，同时出现了高撤诉率表象下行政诉讼和解的异化，最终不仅影响当事人合法权益的保护，也可能使行政纠纷复杂化，最终使我国的法治建设遭到质疑。这是当前我国行政诉讼撤诉制度遭遇制度瓶颈和信任危机的主要原因。为了解决行政诉讼撤诉制度面临的困境和存在的问题，本文在通过探讨行政诉讼撤诉制度的理论基础，分析行政诉讼撤诉制度的文本及实践运行中存在的问题，进而从宏观层面的和谐社会建设，到中观层面的司法能力提升，再到微观层面的行政诉讼撤诉制度本身的完善等各个环节，对行政诉讼撤诉制度进行完善。文章分导论、正文和尾论三个部分，共五章内容。第一章是导论部分。导论部分介绍文章的研究背景、研究起点和研究空间以及研究对象、研究思路及研究方法。研究撤诉问题的背景在于，目前行政纠纷解决方式多元化的前提下，撤诉结案在司法实践中的大量使用，已经背离了行政诉讼设立撤诉制度的立法目的。研究起点在于行政诉讼撤诉制度应有的价值与实践运行的背离，探讨行政诉讼撤诉制度中原告的程序利益。研究空间在于通过对目前理论界对行政诉讼撤诉制度的研究，在总结和借鉴他人智慧和经验基础上，讨论研究中国行政诉讼撤诉制度的问题及完善。第二章为更好地检视行政诉讼撤诉的不足及完善行政诉讼撤诉相关制度，对行政诉讼撤诉进行理论分析。行政诉讼撤诉申请权是原告诉权的一种。应尊重并确保原告诉权在行政诉讼撤诉程序中的实现；行政诉讼立法目的的唯一性是保护公民、法人和其他组织的合法权益。行政诉讼撤诉制度作为行政诉讼的具体制度，理应与其保持一致性，即行政诉讼撤诉制度如何实现原告的合法权益保护；行政诉讼撤诉的价值是原告在行政诉讼撤诉程序中所追求的，即诉讼效率、程序经济和程序公正。因此行政诉讼撤诉的完善应体现这种价值追求。第三章对行政诉讼撤诉制度的运行及存在的问题进行检视。为了对行政诉讼撤诉制度的运行进行更好地检视，该部分首先对行政诉讼撤诉制度运行的外在环境进行了简单介绍。接着，除了梳理立法和司法解释对撤诉的具体规定外，也探讨行政诉讼撤诉司法实践背后的司法政策的变迁。同时以实证材料为基础对行政诉讼撤诉的现实运行进行剖析和总结。第四章从三个层面对行政诉讼撤诉制度的完善进行构思。宏观层面是和谐社会的建设。和谐社会强调社会秩序和稳定，但是同时，和谐社会也是法治社会。通过对和谐社会建设要素进行分析，对目前全面讲求“稳定”的现实纠偏，正确看待现阶段我国社会存在的行政纠纷。中观层面是司法能力的提升。司法权威和司法独立是司法公正的重要保障，而能动司法是目前执政党对法院在纠纷解决过程中提出的政治性要求，如何在司法权能与政治权能中找到平衡，是我国司法的重要思考课题。而正当的法律程序构成诉讼制度的灵魂，因此，从微观层面对行政诉讼撤诉制度中的行政诉讼原告申请撤诉程序、法院对撤诉申请的审查程序、检察院对法院审查撤诉的监督程序及撤诉后权利救济程序等四个方面进行全方位的程序建构，以期行政诉讼撤诉制度真正实现对原告合法权益的保障。结语是对全文的总结，同时对行政诉讼撤诉制度予以厚望。