农村信用社是甘肃省农村金融体系的重要组成部分，是新农村建设重要金融动力，长期以来一直发挥着农村金融“主力军”的作用，为农村经济的发展提供了强有力的金融支持。但是农村信用社金融供给不足，不能满足农户的金融需求，同时农村信用社还存在着产权不明晰、法人治理结构不完善等问题。因此，系统分析甘肃省农村信用社发展中存在的问题，对提高满足农户金融需求的水平，以及促进农村信用社的可持续发展，具有十分重要的意义。文章运用DEA方法中的C2R模型对2001-2010年甘肃省农村信用社的绩效进行评价分析，得出在2005年后农村信用社的总效率和规模效率均存在着DEA无效，技术效率为DEA有效的结论。运用问卷调查的方法，于2012年分别对甘肃省庆阳市、平凉市、武威市、定西市、天水市、酒泉市、白银市、甘南自治州等10个市（州）的20县（区）进行了实地调查。此次调查的主要目的是为了了解农村信用社农户借款的满足情况，总共发放调查问卷680份，回收问卷650份，其中有效问卷630份。统计结果显示：在农户金融需求方面，87.27%的农户不会把农村信用社作为首选借贷渠道，认为从农村信用社获得贷款的程序复杂且成本较高；从借款金额看，68.13%的农户获得的是10000元以下的贷款；从借款期限看，63.58%的农户获得是1年以内的短期借款；从贷款获取方式看，农户获取借款以存单形式为主；从农村信用社的服务看，70.44%的农户对于农村信用社提供的服务持不满意的态度，其中对从业人员的服务意识、业务水平和服务态度分别为25.37%、22.93%和35.85%；说明农村信用社不能满足农户的借款需求，存在供给不足，主要表现为金融服务供给不足，营业网点分布不合理，金融产品供给不足和信贷供给功能不能满足农户的金融需求。通过查阅文献和采用定性的分析方法，对农村信用社的产权制度和法人治理结构进行简要概述，并结合案例分析总结发现：目前甘肃省农村信用社普遍存在产权归属不明晰、法人治理结构形式化严重和内部人员控制的问题。针对目前农村信用社在发展过程中存在的问题，从政府和农村信用社的角度提出以下建议：加大政府的支持力度，协助信用社处理不良贷款，创新抵押担保方式；改善农村信用社的金融供给功能，扩大农户的贷款范围，创新金融产品，扩宽信用社的服务范围；明晰产权制度和完善法人治理等建议。