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自2010年10月份起，由猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus，PEDV）引起的猪急性腹泻在中国多个养猪省份暴发。该病是以腹泻、呕吐、脱水和对哺乳仔猪高致死率为特征的一种高度接触性肠道传染病，易感猪发病率可高达100%，给猪场带来了严重的经济损失。为了解PEDV的遗传变异情况，本研究根据GeneBank中PEDV经典毒株CV777株的全序列设计了19对特异性引物，采用RT-PCR方法对分离自河南省某猪场的PEDV流行株CH/ZMDZY/11的全基因组进行分段扩增、克隆和测序，获得了基因组的完整序列。在此基础上，作者对2010-2012年间PEDV中国流行株的遗传变异情况进行了分析，核苷酸和氨基酸序列比对结果显示，与经典毒株CV777相比，目前中国PEDV流行株已经发生了变异。来自中国各地的10株PEDV流行株具有很高的同源性（98.2%～99.1%），并与韩国强毒株DR13和中国早期毒株CH-S亲缘关系较近，而与经典毒株CV777的亲缘关系较远（96.8%～97%）。PEDV中国流行株与参考毒株相比，各主要基因均发生了不同程度的变异，尤其以S基因突变最明显，从而能够在一定程度上解释本病目前在猪群中普遍出现免疫失败的原因。S蛋白是位于PEDV病毒粒子表面的纤突蛋白，在病毒粒子与细胞表面受体结合后通过膜融合侵入宿主细胞的过程中发挥作用，并且能够介导感染宿主体内中和抗体的产生，是PEDV重要的结构蛋白。为了逃避宿主免疫选择的压力，S基因极易发生变异，因此常被用作评价PEDV的变异和基因工程疫苗的靶蛋白。使用MegAlign软件对10个流行毒株和6个参考毒株的S基因序列分析后发现，流行株之间S基因的氨基酸序列同源性为97.3%-99.6%，而它们与经典毒株CV777、中国早期分离株等参考毒株的核苷酸同源性仅为92.5%-94.6%。S基因氨基酸序列的变异主要集中在第27-374位氨基酸区域内，其中在58-61位有连续4个氨基酸的插入，在143位有1个氨基酸的插入，在166-169位有两个氨基酸的缺失，此外还有多处连续或不连续的氨基酸改变。根据序列比对结果，推测PEDV流行株S基因的变异可能导致其抗原性的改变。临床上已免疫过CV777株疫苗的猪群依然发病，因此怀疑传统的疫苗可能已经无法为猪群提供有效保护。为此，作者克隆了PEDV CH/ZMDZY/11株S基因的高突变区，并通过原核表达系统成功获得融合蛋白。Western Blot结果表明，该蛋白具有良好的反应原性。本研究为PEDV变异毒株S基因的功能研究，基于S蛋白的检测方法的建立，以及基因工程疫苗的研制奠定了基础。