二十世纪科学发展的一个重要特征是“大科学工程”的出现,它已经成为当今国家科学技术发展的重要基础条件,而大科学实验室则是基于大科学工程建立的实体机构。其中,美国依托大学管理大科学实验室的大科学工程组织“一体化模式”,被认为是美国许多世界一流大学崛起的一个关键因素。有鉴于美国的成功先例,自“十一五”规划以来,中国开始借鉴美国的“一体化模式”构建大科学工程组织,作为提升大学核心竞争力、培养科研人才和建设世界一流大学的“新举措”。然而,“新举措”在实施过程遭遇到两个现实困境,一个是大学与大科学实验室的组织制度冲突,另一个是大科学实验室的资源被大学争夺。构建大科学工程组织需要庞大的资源投入,“新举措”亦已处于全面展开阶段。在这样的背景下,研究起源于美国的大科学工程组织模式,分析“新举措”的困境成因和提出可行的对策建议,具有重要的理论意义与现实意义。为此,本文通过对国内外现有研究成果做出梳理与分析,以交易成本理论为核心,导入科层制理论、资源基础观、演化理论以及社会运动的相关理论,综合运用理想类型分析法、博弈分析法、基于面板数据模型的定量分析法以及历史分析等研究方法,研究了大科学工程组织的治理结构冲突与演化,主要内容及取得的成果如下:第一,透视出大科学工程组织的治理结构冲突原因,在于治理结构边界缺失。基于交易成本理论和科层制理论的整合分析框架,指出大学的“小科学治理结构”和大科学实验室的“大科学治理结构”是运行机制截然相反的两种治理结构,由这两种治理结构一体化而形成的大科学工程组织,因治理结构边界缺失而导致冲突的发生。这个研究结果解释了第一个现实困境,并通过博弈分析做出了佐证性检验。第二,揭示出大科学工程组织的治理结构冲突后果,在于大学与大科学实验室的资源趋同化。基于交易成本理论和资源基础观的理论主张,从实证角度发现了大学治理结构的资源吸纳机制,其呈现为“终身职”对大学组织专用资产与运行绩效关系的负向调节作用,进而揭示出在“一体化模式”的治理结构边界缺失下,大学的资源吸纳机制直接作用于大科学实验室,产生了大学与大科学实验室资源趋同化的治理结构冲突后果,外在地呈现为大学争夺大科学实验室资源。这个研究结果解释了第二个现实困境。第三,分析了大科学工程组织的治理结构演化初始条件,在于大科学工程组织的制度生成及其局限。基于资源动员理论、政治过程理论和社会结构理论构建的分析框架,在“社会运动”视角下考察了“曼哈顿工程”从兴起到演进过程中的资源来源、组织特征和政治机会结构,从历史分析的角度解释了大科学工程组织的制度生成原因与局限,阐明了大科学工程组织的治理结构演化初始条件。这个研究结果突显了社会结构与制度生成对于构建大科学工程组织的重要意义。第四,剖析出大科学工程组织的治理结构演化路径,在于从一体化模式演化为混合模式。披露了治理结构边界和桥接机制从缺失到创建的经验事实和历史演进,并在交易成本理论与演化理论的整合分析框架下,剖析出大科学工程组织从一体化模式到混合模式的治理结构演化路径。在这个基础上,揭示出大科学工程组织最初在美国得以形成和成功的历史特定性,并指出演化前后的两种模式因路径依赖作用而在时下并存,妨碍了人们对“一体化模式”合理性的质疑。这个研究结果启示出,通过创建治理结构边界和桥接机制,构建大科学工程组织的“混合模式”,是解决“新举措”困境的重要方式。最后,立足于中国的制度情景,分析了中国构建大科学工程组织的体制局限与历史局限,并结合大科学工程组织的治理结构冲突与演化研究结果,给出了四个方面的对策建议,即基于新历史特定性推进治理结构演化、基于独立行政法人创建治理结构边界、基于增量改革创建治理结构桥接机制、以及基于社会工程推动社会结构转变和制度生成。