基于计算机模拟技术的嘌呤类CDK2抑制剂的构效关系和分子设计研究

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细胞周期蛋白依赖性激酶2(cyclin-dependent kinase 2,CDK2)是治疗癌症最有前景和吸引力的靶标之一。目前报道的大多数CDK2抑制剂对癌症的疗效差且对正常细胞有毒副作用。因此,设计和开发新型强效CDK2抑制剂刻不容缓。在本论文中,为设计新的强效CDK2抑制剂,组合三维定量构效关系,虚拟筛选,分子对接和分子动力学模拟方法,对最近报道的35个嘌呤类CDK2抑制剂进行分子模拟研究。根据三种不同的叠合方案构建CoMFA,CoMSIA模型。构建CoMSIA模型时考虑了所有CoMSIA场的组合。最佳CoMFA(q2=0.743,r2pred=0.991),CoMSIA(q2=0.808,r2pred=0.99)与Topomer CoMFA模型(q2=0.779,r2pred=0.962)具有良好的内外部预测能力。QSAR模型表明在R1处引入大小适当的取代基,R2处的氨基附近存在具有氢键供体性质的大体积带正电的亲水取代基,在R2的苯环上引入疏水取代基和在R3处避免引入大体积和带负电的基团有利于活性。利用虚拟筛选获得优化活性的R基团设计了新化合物。QSAR模型预测和对接结果表明有35个新设计的化合物具有良好的预测活性和结合亲和力。分子对接和动力学结果表明Glu81,Leu83,Asp86,Lys89,Lys33和Gln131是能与配体形成重要氢键的重要残基。本论文研究结果和新设计的35个化合物可为新型有效CDK2抑制剂的开发,进一步设计和结构优化提供有价值的指导。
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