党的十九大报告指出要“积极稳妥推进政治体制改革”。政治体制改革的推进,需要政府绩效审计的有效支撑。具备完善体系的政府绩效审计制度有利于人民全面有效监督政府财政收支活动的合法性和效益性,增进人民积极参与政府活动监督的积极性,充分保障社会主义民主制度的落实,稳步推进国家政治体制改革。而独立性是政府绩效审计的灵魂,不受外界因素干扰的独立的政府绩效审计能真正实现监督政府行为的经济性、效益性和效率,才能有力促进政府行政向良性发展。本文以新公共管理理论和受托代理理论为理论依据,以文献研究法和比较分析法为主要手段,通过对目前国外的三种政府绩效审计模式进行比较研究,结合我国政府绩效审计独立性现状,分析出我国政府绩效审计独立性不强的主要因素是行政模式下的审计体制造成审计人员、审计经费独立性差,我国审计法律法规不够完善,相应的绩效审计准则不健全,提出了增强我国政府绩效审计独立性的对策。通过改革我国现行的审计体制,改变国家审计经费来源方式,改变国家审计机关主要负责人的任免方式,赋予审计机关适量的立法权和高度重视与国家审计机关相关的立法工作等路径,优化我国政府绩效审计模式,提升审计机构的独立性,最终有力促进我国政府治理体系和治理能力现代化。