论文部分内容阅读
泥东风螺(Babylonia lutosa)俗称黄螺,在中国主要分布于海南、广西、广东和福建等地,为广盐性、广温性贝类。因其肉质鲜美,营养丰富,近几年已成为国内十分畅销的优质海产贝类,并以其生长快、价格高等优点,已开发成海水养殖新种类。但因环境变化及过度捕捞使野生泥东风螺资源锐减,我国农业部设立公益性科研专项项目以期恢复和保护泥东风螺资源。本研究利用新一代高通量测序技术获得泥东风螺的转录组数据,从中发掘EST-SSR标记及含有EST-SSR序列的生长相关基因,并测定了泥东风螺线粒体全基因组序列；然后利用开发的EST-SSR标记和线粒体标记基因测序对野生群体进行遗传结构与遗传多样性分析,以开发的标记对人工养殖Fl代群体进行生长性状与EST-SSR标记的关联分析,寻找生长相关的分子标记,以期为泥东风螺种质资源保护、人工增殖效果评估和分子标记辅助选育提供参考。主要研究结果如下研究结果如下：1、基于高通量测序的泥东风螺转录组分析利用高通量测序技术从泥东风螺腹足和肝胰腺混合RNA样本中获得119,113条高质量Unigenes,筛选得到13,962个EST-SSR,共有109,359个Unigenes获得了GO信息,分析到8,272个isotig注释上了EC,参与了232个通路,为泥东风螺基因研究和EST-SSR标记开发提供了重要资源。2、含EST-SSR序列的生长相关基因发掘及克隆从获得的泥东风螺转录组数据中发掘到7个含EST-SSR序列的生长相关基因,采用RACE技术扩增到其中的TBC-1-A基因,但在3、非编码区并未发现该重复序列,推断可能存在该家簇蛋白中的另一同型异构体。3、人工养殖F1代泥东风螺生长性状相关性分析对人工养殖F1代泥东风螺生长性状分析发现除体螺层高与螺旋部高之外,其它性状之间均存在正相关,对螺重影响由强到弱依次为壳宽、壳口宽、体螺层高和螺旋部高,这可作为泥东风螺生长性状选育参考指标。4、泥东风螺EST-SSR标记开发从野生泥东风螺个体中开发了具多态性的位点53个,位点的等位基因数量在2至7之间,平均观测杂合度(Ho)为0.4813,平均期望杂合度为(He)为0.4832,平均多态信息含量(PIC)为0.4682,这表明野生个体之间遗传多样性偏低。5、泥东风螺野生群体遗传多样性分析利用开发的EST-SSR标记引物对广西北海、福建连江和福建长乐3个野生群体研究发现：北海与连江和北海与长乐野生群体遗传距离分别达到0.6132和0.6465,连江和长乐野生群体遗传距离为0.0996,表明北海群体与连江和长乐两个群体之间的基因流动很小。6、EST-SSR标记与生长性状相关性分析对人工养殖F1群体中206只样本进行位点基因型与性状作最佳尺度关联回归分析发现：8个位点与泥东风螺生长性状存在相关性,其中BL-106位点的BC基因型和BL-107位点的AB基因型与螺重性分别存在状存在显著正相关和极显著正相关,是泥东风螺生长优势基因型。对位点基因分析发现BL-106位点基因是与生长相关的TBC-1-2B蛋白基因,而BL-107位点基因则未知。这两个位点的优势基因型可运用到泥东风螺分子标记辅助选育。7、泥东风螺线粒体基因组序列与群体遗传多样性分析通过PCR扩增测序获得泥东风螺线粒体基因组全序列,与已发表的11种螺类线粒体基因组比较分析发现了4个高度变异区和1个高度保守区。用16S rRNA和CO1基因通用引物对3个不同泥东风螺群体进行扩增测序比较,未发现变异位点,但在线粒体基因组的非编码区内发现少量的变异位点。