经济全球化、区域一体化浪潮激荡着全球的各个角落,经贸合作已经成为各国交往的主要目的,国际海关合作作为各国经贸合作的枢纽,实现了贸易自由化、简化了通关手续、降低了通关费用及提高了贸易效率,其重要性日益凸显。上海合作组织作为中国倡导的一个新兴区域组织,是欧亚大陆最大的区域多边合作组织,也是世界上最活跃的区域组织之一,加强区域内的海关合作对组织内各成员的经济发展、政治安全和区域一体化进程都有非常重要的战略意义。但上海合作组织处在创立初期,组织内的机构构建还不够成熟,海关合作机制存在一定不合理性,有待进一步完善。文章将从上海合作组织成员国的海关立法现状切入,比较成员国(主要是中国、俄罗斯和哈萨克斯坦)之间的海关法律法规之间的差异,作为研究的基础。在此基础上对上海合作组织取得的阶段性成果即海关机构设置及多边双边协定进行系统的阐述,并对制约上海合作组织海关合作的诸因素进行全面剖析,为上海合作组织的海关合作机制的构建提供理论依据。同时,将上海合作组织海关合作对组织本身及组织成员的影响进行评述,表明组织内海关合作的迫切性和必要性。文章的最后一部分是文章的突破点,就上海合作组织海关合作机制提出了建设性的意见,具体分析了该组织海关合作的优先发展领域、合作的具体模式及合作机构的设置等,使海关合作机制不断完善。