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目的 探讨广西扶绥县肝癌高发区HBV相关肝癌患者HBV Pre-S区变异与肝癌发生的关系并构建扶绥乙型肝炎病毒Pre-S区参照序列。方法按照病例对照的方法,采集53例HBV相关肝癌患者及95例HBV慢性携带者的血清,提取DNA后采用巢式PCR法扩增Pre-S区,扩增获得的阳性产物纯化后进行测序并分析。同时将Pre-S区序列进行多重序列比对,以每个碱基频率最高点作为参照序列该位点的碱基,获得B型和C型的参照序列。结果1. 肝癌组Pre-S区缺失率为41.5%(22/53),对照组缺失率为10.5%(10/95),两组差异有统计学意义(χ2=19.271,P=0.000,OR=6.032)。2. 肝癌组C3026T变异率为52.88%(28/53),对照组变异率为37.9%(36/95),两组差异无统计学意义(χ2=3.092,P=0.079,0R=1.836)。然而,肝癌组HBV C基因型C3026T变异率为71.8%(28/39),对照组HBV C基因型变异率为51.4%(36/70),两组差异有统计学意义(χ2=4.186,P=0.041,OR=2.404)。3. 肝癌组Pre-S2起始密码子变异率为32.1%(17/53),对照组变异率为8.4%(8/95),两组差别有统计学意义(χ2=13.559,P=0.000,OR=5.135)。4. 肝癌组T53C变异率为24.5%(13/53),对照组变异率为5.3%(5/95),两组差别有统计学意义(χ2=11.819,P=0.001,OR=5.850)。5. 非条件Logistic回归分析得出Pre-S区缺失(OR=7.021,95%CI2.692-18.314)、Pre-S2起始密码子变异(OR=5.633,95%CI 1.869-16.983)、 T53C变异(OR=5.313,95%CI 1.518-18.600)、男性(OR=2.907,95%CI 1.126-7.506)均与肝癌相关。6.T53C变异在不同性别中,对肝癌发生的作用存在异质性,说明T53C变异与性别存在交互作用(P<0.1)。7. 构建扶绥地区B基因型与C基因型的Pre-S区参照序列,两序列的异质性为12.1%。结论Pre-S区缺失、Pre-S2区起始密码子变异、T53C变异是肝癌发生的独立危险因素；性别是T53C变异的效应修饰因子；HBV基因突变的研究中,参照序列的选择将影响最终的结果,不同地区具有不同的流行株,它们存在异质性,所以构建扶绥地区HBV参照序列是HBV变异研究的基础性工作。